Tietoa 3D-NuS
3D-NuS (3-Dimensional Nucleic Acid Structures) on verkkopalvelin, jolla voidaan mallintaa ja visualisoida kolmiulotteisia rakenteita oikeakätisille i) ei-kanonisia emäspareja sisältäville DNA/RNA-duplekseille ja niiden kimeerisille muodoille, jotka ovat molekyylinsisäisiä tai -välisiä, sekä niiden kimeerisille muodoille, jotka ovat kimeerisiä, & ja jotka ovat risteytyneitä & tai jotka ovat hybridejä, iii) vasenkätiset Z-DNA/Z-RNA-dupleksit, iv) tripleksit ja vi) intra/intermolekulaariset G-kvadrupleksit automatisoidusti. Se tuottaa myös mallinnettua rakennetta vastaavien konformaatioiden kokonaisuuden.
3D-NuS rakentaa DNA- ja RNA-dupleksit, jotka sisältävät kaikki mahdolliset mismatch-kombinaatiot yhdessä kanonisten emäsparien kanssa, automatisoidusti. 3D-NuS antaa mahdollisuuden rakentaa erilaisia tripleksi- ja nelikompleksimuotoja erityyppisille RNA/DNA-juosteyhdistelmille sekä eri juosteorientaatioille. Tällä hetkellä 3D-NuS pystyy tuottamaan energiaminimoituja malleja 80 erityyppisestä tripleksistä, 58 erityyppisestä intra-/intermolekulaarisesta kvadrupleksista, Z DNA/RNA- ja DNA/RNA-kimera-malleista sekä erilaisista epäsuhtaisuutta sisältävistä DNA- tai RNA-duplekseista ja RNA-DNA-hybridi-duplekseista käyttäjän määrittelemälle sekvenssille ja pituudelle. Näistä kerrotaan tarkemmin dokumentaatiossa ja vastaavalla molekyylimallinnussivulla.
