Kromosomin konformaatiokaappaus (3C) -menetelmillä mitataan DNA-kontaktitaajuuksia, jotka perustuvat ydinkeskustan läheisyysligaatioon, jotta voidaan paljastaa in vivo genomin taittumismalleja. 4C-seq on johdettu 3C-menetelmä, joka on suunniteltu etsimään genomista sekvenssejä, jotka ovat yhteydessä valittuun kiinnostavaan genomikohtaan. 4C-seq käyttää käänteistä PCR:ää ja seuraavan sukupolven sekvensointia monistamaan, tunnistamaan ja kvantifioimaan läheisyysliigattuja DNA-fragmentteja. Se tuottaa korkearesoluutioisia kontaktiprofiileja valituista genomikohdista rajoitettujen sekvensointilukemien perusteella. 4C-seq-menetelmää voidaan käyttää genomin järjestäytymisen monien näkökohtien tutkimiseen. Sen avulla voidaan ensisijaisesti tunnistaa yksittäisten säätely-DNA-moduulien välisiä erityisiä pitkän matkan DNA-kontakteja, jotka muodostavat esimerkiksi säätelykromatiinisilmukoita tehostajien ja promoottoreiden välille tai arkkitehtonisia kromatiinisilmukoita kohesiiniin ja CTCF:ään liittyvien domeenien rajojen välille. Lisäksi 4C-seq-kontaktiprofiilit voivat paljastaa kontaktidomeenien ääriviivat ja tunnistaa rakenteelliset domeenit, jotka asuvat yhdessä samassa ydinkompartimentissa. Tässä esitellään parannettu vaiheittainen protokolla näytteiden valmistelua ja 4C-seq-sekvensointikirjastojen tuottamista varten, mukaan lukien optimoitu PCR- ja 4C-mallin puhdistusstrategia. Lisäksi esitetään tietojenkäsittelyputki, joka käsittelee multipleksoituja 4C-seq-lukemia suoraan FASTQ-tiedostoista ja tuottaa standardien genomiselainten kanssa yhteensopivia tiedostoja tietojen visualisointia ja tilastollista jatkoanalyysiä varten, kuten peak calling peakC:n avulla. Esitettyjen protokollien ja putken avulla kuka tahansa voi helposti tuottaa, visualisoida ja tulkita omia korkean resoluution 4C-kontaktitietoaineistojaan.