Ihmisen urogenitaalijärjestelmän kehitys on monimutkainen prosessi, minkä vuoksi munuaispoikkeavuudet ovat yleisimpiä synnynnäisiä poikkeavuuksia. Sikiön virtsatiet voidaan kuvata ultraäänellä 11 viikosta alkaen, mikä mahdollistaa megakystan tunnistamisen 11-14 viikolla, mikä edellyttää kattavaa riskinarviointia mahdollisesta taustalla olevasta kromosomianeuploidiasta tai obstruktiivisesta uropatiasta. Keskimmäisen raskauskolmanneksen keskivaiheilla tehtävä poikkeavuustutkimus mahdollistaa useimpien munuaispoikkeavuuksien havaitsemisen suuremmalla herkkyydellä. Molemminpuolinen munuaisten ageneesi voidaan vahvistaa ultraäänitutkimuksella, jolloin munuaiskuopat ovat tyhjät ja virtsarakon täyttö puuttuu, samoin kuin vaikea oligohydramnio tai anhydramnio. Dysplastiset munuaiset tunnistetaan siitä, että ne näyttävät suurilta, hyperechoisilta ja niissä on tai ei ole kystisiä tiloja, joita esiintyy munuaiskuoren sisällä. Laajentuneiden virtsajohtimien esiintyminen ilman ilmeistä keräysjärjestelmän laajentumaa edellyttää ylempien virtsateiden huolellista tutkimista kaksoismunuaisjärjestelmän poissulkemiseksi. Sonografisesti voidaan myös erottaa lapsityyppiset ja aikuistyypin polykystiset munuaistaudit, jotka ovat yleensä yhden geenin sairauksia. Ylempien virtsateiden laajentuma on yksi yleisimmistä raskaudenaikana diagnosoitavista poikkeavuuksista. Se johtuu yleensä ohimenevästä virtsanvirtauksen heikkenemisestä lantion ja virtsaputken ja virtsaputken ja virtsankarkailun yhtymäkohdan tasolla, ja se paranee ajan myötä useimmissa tapauksissa. Sikiön alempien virtsateiden ahtauma johtuu pääasiassa posteriorisista virtsaputkiläpistä ja virtsaputkiatresiasta. Paksut virtsarakon seinämät ja laajentunut takimmainen virtsaputki (avaimenreiän merkki) viittaavat takimmaisiin virtsaputkiläppiin. Synnytystä edeltävää ultraäänitutkimusta ei voida käyttää luotettavasti munuaisten toiminnan arviointiin. Nestemäistä tilavuutta ja munuaisparenkyymin echogeenisuutta voidaan kuitenkin käyttää apuna arvioitaessa epäsuorasti taustalla olevaa munuaisreserviä. Munuaistiehyiden poikkeavuudet voivat olla yksittäisiä, mutta ne voivat liittyä myös muihin synnynnäisiin poikkeavuuksiin. Siksi muiden järjestelmien perusteellinen tutkiminen on pakollista mahdollisten geneettisten häiriöiden poissulkemiseksi.