Sitä, miten päiväkirja on luokiteltava, on kiistelty. Aluksi sitä esiteltiin ja luettiin tietokirjana, mutta 1780-luvulla hyväksyttiin teoksen fiktiivinen asema. Keskustelu jatkui siitä, voitiinko Defoea pitää teoksen tekijänä eikä vain sen toimittajana. Edward Wedlake Brayley kirjoitti vuonna 1835, että Journal on ”painokkaasti sanottuna, ei fiktio, ei fiktioon perustuva … muistolle tehdään suurta vääryyttä, jos se esitetään näin”. Brayley näkee vaivaa verratessaan Defoen kertomusta tunnettuihin vilpittömiin kertomuksiin, kuten tohtori Nathaniel Hodgesin teokseen Loimologia (1672), Samuel Pepysin päiväkirjaan ja Thomas Vincentin teokseen God’s Terrible Voice in the City by Plague and Fire (1667), sekä primaarilähteisiin. Tätä mieltä oli myös Watson Nicholson, joka kirjoitti vuonna 1919 ja väitti, että ”Journalissa ei ole ainuttakaan Lontoon suuren kulkutaudin historiaan liittyvää väitettä, jota ei olisi vahvistettu”, joten teosta voidaan pitää ”aitona historiana”. Nicholsonin mukaan se on ”historiallisten tosiasioiden uskollinen kirjaus … oli kirjoittajansa tarkoitus”. Ainakin yksi nykyaikainen kirjallisuuskriitikko, Frank Bastian, on ollut samaa mieltä siitä, että ”keksityt yksityiskohdat ovat … pieniä ja epäolennaisia” ja että Journal ”on lähempänä käsitystämme historiasta kuin kaunokirjallisuudesta” ja että ”kaikki jäljellä olevat epäilyt siitä, pitäisikö sitä nimittää ”kaunokirjallisuudeksi” vai ”historiaksi”, johtuvat näiden sanojen epäselvyyksistä”.”
Muut kirjallisuuskriitikot ovat väittäneet, että teosta olisi pidettävä mielikuvituksellisen fiktion teoksena ja että sitä voidaan siten perustellusti kutsua ”historialliseksi romaaniksi”. Tätä mieltä oli Everett Zimmerman, joka kirjoitti, että ”Juuri kertojaan keskittymisen intensiteetti tekee A Journal of the Plague Yearista enemmän romaanin kuin … historian kaltaisen”. Itse asiassa se, että Defoe käyttää kertojaa ”H.F.” ja esittää päiväkirjan alun perin ruton silminnäkijän muistelmina, on suurin kiistakohta kriitikoille, jotka pitävät kirjaa pikemminkin ”romanssina” – Sir Walter Scottin kuvaamana ”eräänä romantiikan ja historian välimaastossa leijailevista teoksista” – kuin historiallisena kertomuksena. Ruttohistorioitsija Walter George Bell totesi, että Defoea ei pitäisi pitää historioitsijana, koska hän käyttää lähteitään kritiikittömästi.
Scottin jokseenkin epäselvän näkemyksen Journalin luonteesta jakoi Defoen ensimmäinen merkittävä elämäkerturi Walter Wilson, joka kirjoitti Memoir of the Life and Times of Daniel De Foe (1830) -teoksessaan siitä, että ” on keksinyt sekoittaa keskenään niin paljon autenttista ja omien aivojensa keksimää, että on mahdotonta erottaa toista toisesta; ja hän on antanut kokonaisuudelle sellaisen yhdennäköisyyden kauhistuttavan alkuperäisen kanssa, että se hämmentää epäilijän ja ympäröi hänet lumoissaan.” Wilsonin mielestä teos on ”historian ja fiktion liitto”, jossa toinen muuntuu jatkuvasti toiseksi ja takaisin. Samaa mieltä on John Richetti, joka kutsuu Journalia eräänlaiseksi ”pseudohistoriaksi”, ”paksusti tosiasioihin perustuvaksi, jopa törkeän totuudenmukaiseksi kirjaksi”, jossa ”mielikuvitus … leimahtaa silloin tällöin esiin ja hallitsee näitä tosiasioita.”
Nämä vaihtoehtoiset käsitteellistykset Journalista – kaunokirjallisuutena, historiana tai historian ja kaunokirjallisuuden yhdistelmänä – jatkavat edelleen elämäänsä.