AAA+-ATPaasit ovat entsyymejä, jotka sisältävät P-silmukan NTPaasidomeenin ja toimivat molekulaarisina chaperoneina, proteaasien ATPaasi-alayksikköinä, helikaaseina tai nukleiinihappostimuloitavina ATP:nä. Kaikkia saatavilla olevia AAA+-proteiinidomeenien sekvenssejä ja rakenteita verrattiin, jotta voitaisiin tunnistaa näiden domeenien lopulliset sekvenssi- ja rakennepiirteet ja päätellä tärkeimmät tapahtumat niiden evoluutiossa. AAA+-luokan evolutiivinen luokittelu kehitettiin käyttämällä tavanomaisia fylogeneettisiä menetelmiä, yhteisten sekvenssi- ja rakennepiirteiden analyysia ja samankaltaisuuteen perustuvaa klusterointia. Analyysin tuloksena AAA+-ATPaasi-luokan sisällä tunnistettiin 26 suurta perhettä. Kuvaamme myös AAA+-ATPaasien aseman suhteessa RecA/F1-, helikaasien superperheisiin I/II, PilT- ja ABC-luokkien P-silmukan NTPaaseihin. AAA+-luokka näyttää käyneen läpi varhaisen säteilyn kladeiksi clamp-loader, DnaA/Orc/Cdc6, klassinen AAA ja ”pre-sensor 1 beta-hairpin” (PS1BH). PS1BH-klaadin sisällä kelaataasit, MoxR, YifB, McrB, Dynein-midasin, NtrC ja MCM:t muodostavat monofyleettisen kokoonpanon, jonka määrittelevät erillinen insertti konservoidun ATPaasiytimen kierteessä 2 ja ylimääräinen kierteinen segmentti ATPaasiytimen ytimen domeenin ja C-terminaalisen alfa-helikaalisen nipun välillä. Ainakin 6 erilaista AAA+-proteiinia, jotka edustavat eri pääkladeja, ovat jäljitettävissä soluelämän viimeiseen yleiseen yhteiseen esi-isään (LUCA). Lisäksi superperheen III helikaasit, jotka kuuluvat PS1BH-kokoonpanoon, olivat todennäköisesti läsnä tässä vaiheessa virusten kaltaisissa ”itsekkäissä” replikoneissa. Seuraavassa suuressa säteilyssä, kahden prokaryoottisen valtakunnan, bakteerien ja arkeoiden, pohjalla, syntyi useita erilaisia chaperoneja, proteaasien ATP-aasi-alayksiköitä, DNA-helikaseja ja transkriptiotekijöitä. Kolmas suuri säteily eukaryoottien evoluution alkuvaiheessa johti useiden ydin- ja sytoskelettitoimintoihin liittyvien eukaryootti-spesifisten sopeutumien syntyyn. Tässä raportoidut uudet sukulaisuussuhteet ja aiemmin havaitsemattomat domeenit saattavat tarjota uusia johtolankoja AAA+-ATPaasien biologian tutkimiseen.