Abortatiivinen initiaatio on normaali transkriptioprosessi, ja sitä esiintyy sekä in vitro että in vivo. Jokaisen nukleotidin lisäysvaiheen jälkeen alkuperäisessä transkriptiossa RNA-polymeraasi voi stokastisesti edetä polkua kohti promoottorin pakenemista (tuottava initiaatio) tai vapauttaa RNA-tuotteen ja palata RNA-polymeraasi-promoottori-avoin-kompleksiin (abortoiva initiaatio). Tässä transkription alkuvaiheessa RNA-polymeraasi siirtyy vaiheeseen, jonka aikana transkriptiokompleksin dissosiaatio kilpailee energeettisesti pidentymisprosessin kanssa. Abortoivaa kiertoa ei aiheuta vahva sitoutuminen initiaatiokompleksin ja promoottorin välillä.
DNA:n skrunchingEdit
Monien vuosien ajan pysyi vaikeasti selvitettävänä mekanismi, jonka avulla RNA-polymeraasi liikkuu DNA-juostetta pitkin abortoituneen transkription aloituksen aikana. Oli havaittu, että RNA-polymeraasi ei päässyt pakenemaan promoottorista transkription aloituksen aikana, joten ei tiedetty, miten entsyymi voisi lukea DNA-juostetta transkriboidakseen sen liikkumatta alavirtaan. Viime vuosikymmenen aikana tehdyt tutkimukset ovat paljastaneet, että abortoivaan initiaatioon liittyy DNA:n skrunching, jossa RNA-polymeraasi pysyy paikallaan, kun se purkautuu ja vetää alavirran DNA:ta transkriptiokompleksiin, jotta nukleotidit kulkevat polymeraasin aktiivisen kohdan läpi ja transkriboivat DNA:ta liikkumatta. Tämä aiheuttaa käärimättömän DNA:n kerääntymisen entsyymin sisälle, mistä johtuu nimi DNA:n ”scrunching”. Epäonnistuneessa initiaatiossa RNA-polymeraasi kelautuu uudelleen ja työntää ulos käärimättömän DNA:n myötävirran puoleisen osan, vapauttaa RNA:n ja palaa takaisin RNA-polymeraasin ja promoottorin avoimeen kompleksiin; sitä vastoin tuottavassa initiaatiossa RNA-polymeraasi kelautuu uudelleen ja työntää ulos käärimättömän DNA:n myötävirran puoleisen osan ja katkaisee RNA-polymeraasin ja promoottorin vuorovaikutussuhteet, pakenee promoottorista ja muodostaa transkription pidentymiskompleksin.
Vuonna 2006 julkaistussa artikkelissa, jossa osoitettiin DNA:n rypistymisen osallistuminen transkription alkuunpanoon, ehdotettiin ajatusta, että DNA:n rypistymisen aikana syntyvä stressi toimii liikkeellepanevana voimana sekä abortoivalle että produktiiviselle initiaatiolle. Samana vuonna julkaistussa liitännäisjulkaisussa vahvistettiin, että havaittavaa DNA:n skrunchingia tapahtuu 80 %:ssa transkription sykleistä, ja itse asiassa arviolta 100 %:ssa, kun otetaan huomioon nopean skrunchingin havaitsemiskyvyn rajoitus (20 % skrunchingista kestää alle 1 sekunnin).
Vuonna 2016 julkaistussa julkaisussa osoitettiin, että DNA:n skrunchingia tapahtuu myös ennen RNA-synteesiä transkription alkamispaikan valinnan yhteydessä.