Nuoren runoilijan opitun hiljaisen elämän rikkoi sisällissota; hän asettui lämpimästi rojalistien puolelle. Hänestä tuli Cambridgen Trinity Collegen stipendiaatti, mutta parlamentaristit erottivat hänet vuonna 1643. Hän pääsi Oxfordiin, jossa hän nautti lordi Falklandin ystävyyttä ja joutui asioiden myllerryksessä itse kuninkaallisen perheen henkilökohtaiseen luottamukseen.
Marston Moorin taistelun jälkeen hän seurasi kuningatarta Pariisiin, ja näin alkanut maanpakolaisuus kesti kaksitoista vuotta. Tämä aika kului lähes kokonaan kuninkaallisessa palveluksessa, ”kantaen osansa kuninkaallisen perheen ahdingoista tai työskennellen heidän asioissaan. Tätä varten hän teki useita vaarallisia matkoja Jerseylle, Skotlantiin, Flanderiin, Alankomaihin tai minne tahansa muualle, missä kuninkaan ongelmat vaativat hänen läsnäoloaan. Tärkein todiste hänen uskollisuudestaan oli kuitenkin se vaivalloinen työ, jonka hän teki edesmenneen kuninkaan ja hänen vaimonsa kuningattaren välisen jatkuvan kirjeenvaihdon ylläpitämiseksi. Tässä painavassa luottamustehtävässä hän käyttäytyi väsymättömän rehellisesti ja epäilemättömän salamyhkäisesti; sillä hän salakirjoitti ja tulkitsi omin käsin suurimman osan kaikista heidän majesteettiensa välillä kulkeneista kirjeistä ja hoiti monissa muissa asioissa laajaa tiedustelutoimintaa, joka vei häneltä muutamien vuosien ajan kaikki päivät ja kaksi tai kolme yötä viikossa.”
Näistä ponnisteluista huolimatta hän ei pidättäytynyt kirjallisesta ahkeruudesta. Maanpaossaan hän tutustui Pindarin teoksiin ja päätti jäljentää niiden ylevän lyyrisen intohimon englanniksi. Cowley ymmärsi kuitenkin Pindarin metrisen käytännön väärin, ja siksi hänen englanninkielisen Pindarin oodimuodon jäljentämisensä ei vastaa tarkasti Pindarin poetiikkaa. Tästä ongelmasta huolimatta Cowleyn käyttämät epäsäännöllisen pituiset, epäsäännöllisen kuvion ja riimikaavan omaavat jambiset rivit olivat kuitenkin hyvin vaikutusvaltaisia, ja ne tunnetaan edelleen englanninkielisenä ”pindarilaisena” oodina eli epäsäännöllisenä oodina. Yksi tunnetuimmista Cowleyn jälkeen kirjoitetuista pindarilaisen perinteen mukaisista oodista on Wordsworthin ”Oodi: Intimations of Immortality”.
Samana aikana Cowley paneutui kirjoittamaan sisällissodan historiaa (joka julkaistiin kokonaisuudessaan vasta vuonna 1973). Cowley mainitsi vuonna 1656 ilmestyneiden Runojensa esipuheessa, että hän oli saanut valmiiksi sisällissotaa käsittelevän eeppisen runon kolme kirjaa, mutta oli jättänyt sen keskeneräiseksi Newburyn ensimmäisen taistelun jälkeen, kun rojalistien aate alkoi menettää merkittävästi asemiaan. Esipuheessa Cowley ilmoitti, että hän oli tuhonnut kaikki runon kopiot, mutta tämä ei ollut aivan totta. Vuonna 1697, kaksitoista vuotta Cowleyn kuoleman jälkeen, julkaistiin lyhennetty versio runon ensimmäisestä kirjasta nimellä A Poem on the Late Civil War. Oletettiin, että runon loppuosa oli todellakin tuhoutunut tai kadonnut, kunnes 1900-luvun puolivälissä tutkija Allan Pritchard löysi Cowperin suvun papereista ensimmäisen kahdesta säilyneestä koko runon käsikirjoituskopiosta. Näin Cowperin suuren (vaikkakin keskeneräisen) englantilaisen eepoksen The Civill Warre (muuten kirjoitettuna ”The Civil War”) kolme valmista kirjaa julkaistiin vihdoin kokonaisuudessaan ensimmäisen kerran vuonna 1973.
Vuonna 1647 julkaistiin kokoelma Cowperin rakkausrunoja, nimeltään The Mistress, ja seuraavana vuonna hänen nimissään ilmestyi viheliäisten satiirien nide The Four Ages of England (Englannin neljä ikävaihetta), jonka säveltämiseen hänellä ei ollut mitään osuutta. Runoilijan maineelle niin kohtalokkaista vaikeuksista huolimatta hänen maineensa kasvoi jatkuvasti, ja kun hän palattuaan Englantiin vuonna 1656 julkaisi kokoelmateoksensa, hän huomasi olevansa yleisön arvostuksessa vailla kilpailijaa. Tähän niteeseen sisältyivät jo mainitut myöhemmät teokset, Pindarique Odes, Davideis, Mistress ja eräät sekalaiset teokset. Jälkimmäisistä löytyvät Cowleyn keskeisimmät teokset. Tämä osa hänen teoksistaan alkaa kuuluisalla pyrkimyksellä:
”Mitä minun on tehtävä tullakseni ikuisesti tunnetuksi ja tehdäkseni tulevasta ajasta omani”.
Se sisältää elegioita Wottonista, Vandyckista, Falklandista, William Herveystä ja Crashaw’sta, joista kaksi viimeksi mainittua kuuluvat Cowleyn hienoimpiin runoihin, jotka ovat loistavia, soinnikkaita ja omaperäisiä; huvittavan balladin The Chronicle, jossa annetaan fiktiivinen luettelo Cowleyn väitetyistä harrastuksista; erilaisia gnomisia kappaleita sekä joitakin viehättäviä parafraaseja Anakreonista. Pindarique-odit sisältävät painavia rivejä ja kohtia, jotka on haudattu epäsäännölliseen ja epäyhtenäiseen moraalisen sanahelinän massaan. Vain yksi tai kaksi on kauttaaltaan hyviä, mutta niistä voi helposti poimia koko joukon kaunottaria. Aleksandriinien pitkät kadenssit, joihin useimmat strofeista päättyvät, kaikuivat englantilaisessa runoudessa Drydenista aina Grayyn asti, mutta itse oodit, joita runoilijan aikalaiset pitivät epäselvinä, joutuivat välittömästi halveksunnan kohteeksi. On myös huomattava, että vuoden 1656 painos sisältää surullisenkuuluisan kohdan, jossa Cowley luopuu uskollisuudestaan kruunulle: ”Mutta kun taistelutapahtuma ja Jumalan selittämätön tahto on ratkaissut kiistan ja kun olemme alistuneet valloittajan ehtoihin, meidän on laskettava kynämme samoin kuin aseemme, meidän on marssittava pois itse asiastamme ja purettava se sekä omat kaupunkimme ja linnamme, kaikki teokset ja linnoitukset samoin kuin järki ja äly, joilla puolustimme sitä”. Meidän ei varmastikaan pitäisi alkaa itse herättää henkiin niiden aikojen ja tekojen muistoa, joista olemme saaneet voittajalta palveluksena yleisen armahduksen. Totuus on, ettei meidän eikä heidän pitäisi paikkojen ja kuvien esittämisen avulla tehdä eräänlaista keinotekoista muistoa niistä asioista, joissa meidän on pakko toivoa Themistokleen tavoin unohduksen taidetta.”
Emäntä oli aikakauden suosituin runoluku, ja se on nykyään Cowleyn teoksista vähiten luettu. Se oli viimeinen ja rajuin ilmentymä 1600-luvun rakkaudellisesta affektoinnista, affektoinnista, joka oli ollut siedettävää Donnen ja muiden varhaisten kirjailijoiden kohdalla, koska se oli ollut vilpittömän tunteen välikappale, mutta Cowleyn kohdalla se oli sietämätöntä, koska Cowleyn kohdalla se edusti hänelle pelkkää pinnallista harjoitusta, pelkkää kirjallisuuden voimistelunäyttelyä. Hän näyttää olleen kylmähermoinen tai ainakin arkaileva; näiden taidokkaasti eroottisten niteiden edessä meille kerrotaan, että hän ei koskaan päiviensä loppuun asti rohjennut puhua rakkaudesta yhdellekään naiselle tosielämässä. The Chroniclen ”Leonoran” sanotaan olleen ainoa nainen, jota hän koskaan rakasti, ja hän meni naimisiin hänen elämäkertakirjoittajansa Spratin veljen kanssa.