Acariformes voidaan jakaa kahteen pääkladiin – Sarcoptiformes ja Trombidiformes. Lisäksi aiemmin pidettiin erillisenä myös alkeismuotoja sisältävää parafylaktista ryhmää, Endeostigmata-heimoa. Jälkimmäiseen kuuluu vain 10 perhettä, jotka koostuvat vähän tutkituista, pienikokoisista, pehmeärunkoisista punkkeista, jotka syövät kiinteää ravintoa, kuten sieniä, leviä ja pehmeärunkoisia selkärangattomia eläimiä, kuten sukkulamatoja, matelijoita ja tardigradeja. Näitä ryhmiä pidettiin aiemmin alaluokkina, mutta tämä ei mahdollista punkkien riittävän tarkkaa luokittelua, ja se on poistettu nykyaikaisemmissa käsittelyissä; Endeostigmata-heimoa pidetään joko omana alaluokkanaan (vanha näkemys) tai se sisällytetään pääasiassa Sarcoptiformes-heimoon, jolloin molemmat ryhmät ovat monofyleettisiä.
Toinen usein mainittu ryhmä on Actinedida, mutta nykyisen kaltaisissa käsittelyissä se on jaettu Sarcoptiformesin (ja aiemmin erillisen Endeostigmata-lajin) ja Trombidiformesin (joka sisältää suurimman osan ”Actinedidasta”) välille, koska se vaikuttaa olevan massiivisesti parafyletinen ”roskasakkataksoni”, joka kokoaa yhteen kaikki Acariformes-lajin lajit, jotka eivät ole ”tyypillisiä” Oribatida- ja Astigmatina-lajeja. Trombidiformes aiheuttaa omat ongelmansa. Pieni ryhmä Sphaerolichida näyttää olevan niiden vanhin suku. Prostigmatat on kuitenkin jaettu eri tavoin Anystinaan ja Eleutherengonaan sekä Eupodinaan. Näiden ryhmien rajaus ja keskinäiset suhteet ovat täysin epäselviä; useimpien analyysien mukaan jompikumpi näistä kahdesta jälkimmäisestä on Anystinan alaryhmä, mutta toinen ei; kumpikaan näistä toistensa kanssa ristiriidassa olevista hypoteeseista ei ole kovin vankka; mahdollisesti kyse on yksinkertaisesta virheestä, koska fylogeneettiset ohjelmistot eivät yleensä pysty käsittelemään ei-dichotomisia fylogenioita. Näin ollen voi olla toistaiseksi parasta pitää kutakin kolmesta tärkeimmästä prostigmatan-linjasta yhtä erillisenä kahdesta muusta.