Alkuperältään AAU:n perusti kaksivuotinen korkeakoulu vuonna 1950 jesuiitta Lucien Matte hänen majesteettinsa keisari Haile Selassie I:n vetoomuksesta, ja se aloitti toimintansa seuraavana vuonna. Seuraavien kahden vuoden aikana kehitettiin yhteyksiä Lontoon yliopistoon.
AAU:n ydin muodostui Addis Abeban yliopistokoulun (University College of Addis Ababa, UCAA) perustamisen myötä vuonna 1950. UCAA:sta, joka aluksi koostui taide- ja luonnontieteellisistä tiedekunnista, tuli täysimittainen korkeakoulu, kun se perustettiin vuonna 1954. Vuonna 1955 avattiin Building College. Helmikuussa 1961 nämä eri korkeakoulut ja teologinen korkeakoulu yhdistettiin Haile Selassie -yliopistoksi. Keisari Haile Selassie I antoi Guenete Leulin palatsin hallintorakennukseksi ja pääkampukseksi. Hän oli hylännyt palatsin, jossa useita hänen ministereitään ja suosikkejaan oli tapettu vuoden 1960 epäonnistuneen vallankaappauksen seurauksena, uuden Jubilee-palatsin hyväksi. Vuoden 1974 vallankumouksen jälkeen yliopisto nimettiin hetkeksi Etiopian yliopistoksi (University of Ethiopia, National University), ennen kuin se sai nykyisen nimensä AAU vuonna 1975. Vallankumouksen jälkeen AAU suljettiin kahdeksi vuodeksi, ja opiskelijat ja henkilökunta kutsuttiin mukaan niin sanottuun kehitysyhteistyökampanjaan (zemecha), jonka tarkoituksena oli herättää maaseutuväestön tietoisuus vallankumouksen hengessä. Yliopisto tarjosi ensimmäiset maisteriohjelmansa vuonna 1979 ja ensimmäiset tohtoriohjelmansa vuonna 1987.
HallintoEdit
Vuoteen 1974 asti peruskirjassa määrättiin hallintorakenteesta seuraavassa alenevassa järjestyksessä tai auktoriteetissa: Kansleri (itse keisari); johtokunta, joka koostuu ministereistä ja kuninkaallisen perheen jäsenistä; ja tiedekuntaneuvosto, joka koostuu yliopiston virkamiehistä, dekaaneista, johtajista ja vaaleilla valituista jäsenistä. Tiedekunnasta tuli myöhemmin senaatti. Vuonna 1977 AAU menetti suhteellisen itsemääräämisoikeutensa, kun se siirrettiin korkeakoulutuskomission alaisuuteen, joka alkoi käyttää hallinnollista toimivaltaa kaikissa korkeakouluissa. Vuonna 1993 AAU siirrettiin opetusministeriön alaisuuteen hallituksen julistuksella.