Yhteenveto
Sakkaroosin tiheysgradienttiultrasentrifugointi on tehokas tekniikka makromolekyylien, kuten DNA:n, RNA:n ja proteiinien, fraktiointiin. Tätä tarkoitusta varten näytettä, joka sisältää erikokoisten makromolekyylien seosta, kerrostetaan gradientin pinnalle, jonka tiheys kasvaa lineaarisesti ylhäältä alaspäin. Sentrifugoinnin aikana erikokoiset makromolekyylit sedimentoituvat gradientin läpi eri nopeudella. Sedimentaationopeus riippuu keskipakovoiman lisäksi makromolekyylien koosta, muodosta ja tiheydestä sekä gradientin tiheydestä ja viskositeetista. Näin makromolekyylit erottuvat toisistaan koon mukaan siten, että suuremmat makromolekyylit sedimentoituvat kohti pohjaa ja kevyemmät makromolekyylit jäävät lähelle gradientin yläosaa. Menetelmä on onnistunut erityisen hyvin suurten DNA-molekyylien koon fraktioinnissa, ja sitä on käytetty laajalti mittaamaan DNA-katkosten induktiota ja korjaantumista klastogeenisille tekijöille altistumisen jälkeen. Tässä kuvaamme tämän menetelmän mukautuksen, jota voidaan käyttää DNA:n replikaation aikana muodostuvan vastasyntetisoidun DNA:n analysointiin. Analysoimalla syntyvän DNA:n kokoa emäksisissä sakkaroosigradienteissa voidaan mitata replikaatioaktiivisuuden vaihteluita sen jälkeen, kun solut on altistettu DNA:ta vahingoittaville tekijöille. Menetelmä on erityisen hyödyllinen, koska sen avulla voidaan erottaa toisistaan DNA-vaurion välittämät vaikutukset ketjun pidentymiseen ja replikonin initiaatioon, mikä on olennaista S-vaiheen sisäisen tarkistuspisteen syvällisen analyysin kannalta. Tämä kyky tekee menetelmästä ainutlaatuisen ja oikeuttaa sen hieman työläsluonteisen luonteen.