Tervetuloa!
|
|
Garrett M. Morris David S. Goodsell Ruth Huey William Lindstrom William E. Hart Scott Kurowski Scott Halliday Rik Belew Arthur J. Olson |
Mikä on AutoDock?
AutoDock on automatisoitujen telakointityökalujen sarja. Se on suunniteltu ennustamaan, miten pienet molekyylit, kuten substraatit tai lääkekandidaatit, sitoutuvat reseptoriin, jonka 3D-rakenne tunnetaan.
AutoDockin nykyiset jakelut koostuvat kahdesta ohjelmistosukupolvesta: AutoDock 4 ja AutoDock Vina.
AutoDock 4 koostuu itse asiassa kahdesta pääohjelmasta: AutoDock suorittaa ligandin telakoitumisen kohdeproteiinia kuvaavaan ruudukkojoukkoon; Autogrid laskee nämä ruudukot valmiiksi.
Sen lisäksi, että niitä käytetään telakoitumiseen, atomaariset affiniteettiruudukot voidaan visualisoida. Tämä voi auttaa esimerkiksi ohjaamaan orgaanisen synteettisen kemian asiantuntijoita suunnittelemaan parempia sidosaineita.
AutoDock Vina ei vaadi atomityyppien valintaa ja niiden grid-karttojen esilaskentaa. Sen sijaan se laskee ruudukot sisäisesti tarvittaville atomityypeille, ja se tekee tämän käytännössä välittömästi.
Olemme myös kehittäneet graafisen käyttöliittymän nimeltä AutoDockTools, lyhyesti ADT, joka auttaa muun muassa määrittämään, mitä sidoksia ligandissa käsitellään pyörivinä, ja analysoimaan telakointeja.
AutoDockilla on sovelluksia:
|
 |
AutoDock 4 on ilmainen ja se on saatavilla GNU General Public License -lisenssin alla. AutoDock Vina on saatavilla Apache-lisenssillä, joka sallii kaupallisen ja ei-kaupallisen käytön ja uudelleenjakelun. Klikkaa ”Lataukset”-välilehteä. Ja hyvää telakointia!
Mikä on AutoDock Vina?
AutoDock Vina on Molecular Graphics Labin uuden sukupolven telakointiohjelmisto. Sillä saavutetaan merkittäviä parannuksia sitoutumistapojen ennusteiden keskimääräisessä tarkkuudessa, ja se on samalla jopa kaksi kertaluokkaa nopeampi kuin AutoDock 4.1
Koska AutoDock 4:n ja AutoDock Vinan käyttämät pisteytysfunktiot ovat erilaisia ja epätarkkoja, kumpikin ohjelma voi antaa paremman tuloksen jossakin tietyssä ongelmassa.
Yksityiskohtaiset tiedot löytyvät AutoDock Vina -sivustolta.
Mitä uutta?
1. kesäkuuta 2009
AutoDock 4.2 on nopeampi kuin aiemmat versiot, ja se sallii makromolekyylin sivuketjujen joustavuuden. Kuten ennenkin, jäykkä telakointi on häikäisevän nopeaa, ja laadukas joustava telakointi onnistuu noin minuutissa. Jopa 40 000 jäykkää telakointia voidaan tehdä päivässä yhdellä suorittimella.
AutoDock 4.2:ssa on nyt vapaan energian pisteytysfunktio, joka perustuu lineaariseen regressioanalyysiin, AMBER-voimakenttään ja vieläkin laajempaan joukkoon erilaisia proteiini-ligandi-komplekseja, joilla on tunnetut inhibitiovakiot, kuin mitä käytimme AutoDock 3.0:ssa. Paras malli ristiinvalidoitiin erillisellä HIV-1-proteaasikompleksien joukolla, ja vahvistettiin, että standardivirhe on noin 2,5 kcal/mol. Tämä riittää erottamaan johtolangat, joilla on milli-, mikro- ja nanomolaariset inhibitiovakiot.
Lue lisää AutoDock 4.2:n uusista ominaisuuksista ja niiden käytöstä AutoDock4:ssä.2 User Guide.
AutoDock 4 on ilmainen ohjelmisto
7. toukokuuta 2007
AutoDock 4:n käyttöönotto sisältää kolme merkittävää parannusta:
- Dockaustulokset ovat tarkempia ja luotettavampia.
- Se voi valinnaisesti mallintaa kohdemakromolekyylin joustavuutta.
- Se mahdollistaa AutoDockin käytön proteiini-proteiini-interaktioiden arvioinnissa.
AutoDock 4.0 ei ole ainoastaan nopeampi kuin aiemmat versiot, vaan se sallii makromolekyylin sivuketjujen joustavuuden. Kuten aiemminkin, jäykkä telakointi on häikäisevän nopeaa, ja laadukas joustava telakointi onnistuu noin minuutissa. Jopa 40 000 jäykkää telakointia voidaan tehdä päivässä yhdellä suorittimella.
AutoDock 4.0:ssa on nyt vapaan energian pisteytysfunktio, joka perustuu lineaariseen regressioanalyysiin, AMBER-voimakenttään ja vieläkin laajempaan joukkoon erilaisia proteiini-ligandi-komplekseja, joilla on tunnetut inhibitiovakiot, kuin mitä käytimme AutoDock 3.0:ssa. Paras malli ristiinvalidoitiin erillisellä HIV-1-proteaasikompleksien joukolla, ja vahvistettiin, että standardivirhe on noin 2,5 kcal/mol. Tämä riittää erottamaan johtolangat, joilla on milli-, mikro- ja nanomolaariset inhibitiovakiot.
Voit lukea lisätietoja uusista ominaisuuksista AutoDock4.2:n käyttöoppaasta.
AutoDock 4.0 voidaan kääntää niin, että se voi hyödyntää uusia hakumenetelmiä optimointikirjastosta ACRO, jonka on kehittänyt William E. Hart Sandia National Labsissa. Olemme myös lisänneet joitakin uusia ominaisuuksia olemassa oleviin evoluutiomenetelmiin. Tarjoamme edelleen 2.4:n ja aikaisempien versioiden Monte Carlo simulated annealing (SA) -menetelmän. Lamarckin geneettinen algoritmi (Lamarckian Genetic Algorithm, LGA) on suuri parannus geneettiseen algoritmiin, ja molemmat geneettiset menetelmät ovat paljon tehokkaampia ja kestävämpiä kuin SA.
Postilista ja foorumi
Olemme perustaneet postituslistan ja foorumin AutoDockin käyttäjille. Tässä on lisätietoja AutoDock-listasta (ADL). Foorumin URL-osoite on http://mgl.scripps.edu/forum.
Mikä on AutoDockTools (ADT)?
Olemme kehittäneet AutoDockin ja AutoGridin graafisen etusivun, ADT:n (AutoDockTools), ja parannamme sitä jatkuvasti. Se toimii Linuxissa, Mac OS X:ssä, SGI IRIX:ssä ja Microsoft Windowsissa. Meillä on myös uudet opetusohjelmat sekä mukana tulevat esimerkkitiedostot.
Missä AutoDockia käytetään?
AutoDockia on nyt jaettu yli 29000 käyttäjälle ympäri maailmaa. Sitä käytetään akateemisissa, valtiollisissa, voittoa tavoittelemattomissa ja kaupallisissa ympäristöissä. Tammikuussa 2011 ISI Citation Indexistä tehty haku osoitti, että yli 2700 julkaisua on siteerannut ensisijaisia AutoDock-menetelmäpapereita.
AutoDockia jaetaan nyt avoimen lähdekoodin GPL-lisenssillä, ja se on vapaasti kaikkien käytettävissä. Koska GPL-lisensoitujen ohjelmistojen sisällyttämistä muihin koodeihin uudelleenjakelua varten koskevien rajoitusten vuoksi jotkin yritykset saattavat haluta lisensoida AutoDockin erillisellä lisenssisopimuksella – minkä me voimme järjestää. Ota yhteyttä professori Arthur J. Olsoniin numerossa + 1 (858) 784-2526 saadaksesi lisätietoja.
Miksi käyttää AutoDockia?
AutoDockia on käytetty laajalti, ja kirjallisuudessa on monia esimerkkejä sen onnistuneesta soveltamisesta (ks. Viitteet); vuonna 2006 AutoDock oli eniten siteerattu telakointiohjelmisto. Se on erittäin nopea, antaa korkealaatuisia ennusteita ligandikonformaatioista ja hyviä korrelaatioita ennustettujen inhibitiovakioiden ja kokeellisten vakioiden välillä. AutoDock on osoittautunut hyödylliseksi myös sokeassa telakoinnissa, jossa sitoutumiskohdan sijainti ei ole tiedossa. Lisäksi AutoDock on ilmainen ohjelmisto, ja versio 4 jaetaan GNU General Public License -lisenssin alaisuudessa; se on myös helppo hankkia.
Run Your AutoDock Research Project on World Community Grid!
Käytätkö tutkimuksessasi AutoDockia? Jos on, saatat olla oikeutettu hyödyntämään World Community Gridin ilmaista laskentatehoa tutkimuksesi nopeuttamiseksi. World Community Gridin tekninen tiimi on jo ottanut AutoDockin ”grid-käyttöön”, ja sitä käytetään World Community Gridissä seuraavien projektien kanssa:
- FightAIDS@Home -projekti The Scripps Research Institutesta.
- Discover Dengue Drugs – Together -hanke The University of Texas Medical Branchilta.
- Help Fight Childhood Cancer
- Influenza Antiviral Drug Search
- GO Fight Against Malaria
Katsokaa World Community Gridin tutkimushankkeiden kriteerit ja ottakaa yhteyttä World Community Gridiin, jos teillä on idea hanke-ehdotuksesta tai kysyttävää.