Vertailtuna muihin vasta-ainemuotoihin, kuten IgG:iin, Fab-fragmentteihin tai scFv:iin, VHH-domeeneilla on monia ainutlaatuisia ominaisuuksia ja etuja.
VHH:t kattavat tavanomaisiin IgG:iin verrattuna erilaisen, mutta silti päällekkäisen epitooppialueen, koska niissä on vain kolme CDR-silmukkaa ja CDR3-jakso on yleensä pitkä. Yleisesti ottaen näyttäisi olevan taipumus sitoutua pikemminkin natiiveihin, epäjatkuvaan konformaatioon perustuviin epitooppeihin kuin lineaarisiin peptidi-epitooppeihin. Poikkeuksena ovat ChromoTekin anti-Spot-Tag VHH ja anti-Myc VHH, jotka tunnistavat vastaavasti pieniä lineaarisia peptidimerkkejä.
VHH:t voidaan tuottaa useissa eri ekspressiojärjestelmissä bakteereista hiivan kautta nisäkässoluihin. Perinteisten IgG:iden tavoin ne voidaan merkitä erilaisilla (fluoresoivilla) väriaineilla, biotiinilla tai muilla pienillä molekyyleillä. Lisäksi ne voidaan kiinnittää kovalenttisesti pinnoille, kuten agaroosihelmiin tai muihin matriiseihin. VHH:t soveltuvat pienen kokonsa (noin 12-15 kDa) ja yksiketjuisen rakenteensa vuoksi sovelluksiin, joissa perinteisten neliketjuisten IgG:iden suuri koko (150 kDa) on haitaksi, kuten superresoluutiomikroskopiaan, kudosten läpäisyyn tai FRET- ja ECL-pohjaisiin tekniikoihin.
VHH-domeenit soveltuvat erinomaisesti biospesifisten vasta-ainemuotojen tuottamiseen joko geneettisellä fuusiolla tai konjugoimalla muihin rekombinanttivasta-aineisiin. Jälleen kerran niiden pieni koko, suuri stabiilisuus ja hyvä ekspressoitavuus ovat eduksi bi- tai jopa monispesifisten molekyylien tuottamisessa.
Lisäksi, toisin kuin täydet IgG:t, tietyt VHH-domeenit voidaan ekspressoida geneettisesti solunsisäisesti ja ne voivat sitoutua vastaaviin solunsisäisiin kohdeproteiineihinsa. Kun ne fuusioidaan fluoresoiviin proteiineihin, kuten GFP:hen tai RFP:hen, näitä sdAbseja voidaan käyttää endogeenisten kohderakenteiden solunsisäiseen visualisointiin in vivo. ChromoTek tarjoaa erilaisia tällaisia VHH-FP-fuusioita, joita kutsutaan Chromobodyiksi, esimerkiksi aktiinin, PCNA:n, ydinlaminan ja muiden sytoskeletti- tai ydinrakenteiden in vivo visualisointiin.