Muḥammad ʿAlī a jeho nástupci
V červenci 1820 vyslal Muḥammad ʿAlī, místokrál Egypta pod Osmanskou říší, armádu pod vedením svého syna Ismāʿila, aby dobyla Súdán. Muḥammad ʿAlí měl zájem o zlato a otroky, které mohl Súdán poskytnout, a chtěl ovládnout rozsáhlé vnitrozemí jižně od Egypta. Do roku 1821 se Funjové a dárfúrský sultán vzdali a nilský Súdán od Núbie po etiopské předhůří a od řeky Atbara po Dárfúr se stal součástí Muḥammadovy expandující říše.
Vybírání daní za Muḥammada ʿAlīho režimu se rovnalo faktické konfiskaci zlata, dobytka a otroků a odpor proti jeho vládě se stal silným a nakonec vyústil v povstání a vraždu Ismāʿila a jeho tělesné stráže. Povstalcům však chybělo vedení a koordinace a jejich vzpoura byla brutálně potlačena. Pochmurné nepřátelství Súdánců se setkalo s pokračujícími represemi až do jmenování ʿAlīho Khūrshīda Āghā generálním guvernérem v roce 1826. Jeho vláda znamenala novou éru v egyptsko-súdánských vztazích. Snížil daně a prostřednictvím uznávaného súdánského vůdce ʿAbd al-Qādir wad al-Zayn se radil se Súdánci. Uprchlíkům byla udělena amnestie. Byl zaveden spravedlivější daňový systém a díky osvobození od daní byla získána podpora mocné vrstvy svatých mužů a šejků (kmenových náčelníků) pro správu. ʿAlī Khūrshīd se však nespokojil pouze s obnovením dřívějšího stavu Súdánu. Z jeho iniciativy byly chráněny a rozšiřovány obchodní cesty, Chartúm se stal hlavním městem správy a byla provedena řada zemědělských a technických zlepšení. Když v roce 1838 odešel na odpočinek do Káhiry, zanechal za sebou prosperující a spokojenou zemi.
Jeho nástupce Ámmad paša abú Widán až na výjimky pokračoval v jeho politice a jeho prvořadým úkolem bylo vymýtit korupci na úřadech. Abú Widán nemilosrdně jednal s provinilci nebo s těmi, kteří se snažili zmařit jeho plány na reorganizaci daní. Obzvláště si oblíbil armádu, která sklízela výhody pravidelného platu a snesitelných podmínek výměnou za to, že nesla hlavní tíhu rozšiřování a upevňování egyptské správy v Kassalá a mezi Araby z Bákkáry v jižním Kordofánu. Muḥammad ʿAlī, který podezříval Abú Widána z neloajality, ho na podzim 1843 odvolal do Káhiry, ale ještě před odjezdem ze Súdánu záhadně zemřel, podle mnohých na otravu.
V následujících dvou desetiletích země stagnovala kvůli neefektivní vládě v Chartúmu a váhavosti místokrálů v Káhiře. Pokud měli Abú Widánovi nástupci správní talent, jen zřídkakdy ho dokázali projevit. Žádný generální guvernér nevydržel ve funkci dost dlouho na to, aby zavedl vlastní plány, natož aby pokračoval v plánech svého předchůdce. Nové plány nebyly nikdy zahájeny a staré projekty byly ponechány ladem. Bez vedení se armáda a byrokracie staly demoralizovanými a lhostejnými, zatímco Súdánci začali být s vládou nespokojeni. V roce 1856 navštívil Súdán místokrál Saíd paša a šokován tím, co viděl, uvažoval o jeho úplném opuštění. Místo toho zrušil úřad generálního guvernéra a nechal každou súdánskou provincii podléhat přímo místodržitelství v Káhiře. Tento stav přetrval až do Saídovy smrti v roce 1863.
Během těchto klidných desetiletí však začaly dvě zlověstné události, které předznamenaly budoucí problémy. V reakci na tlak západních mocností, zejména Velké Británie, bylo generálnímu guvernérovi Súdánu nařízeno zastavit obchod s otroky. Ale ani sám místokrál nedokázal škrtem pera a vybudováním několika policejních stanovišť překonat zavedené zvyklosti. Jestliže omezení obchodu s otroky vyvolalo mezi Súdánci odpor, jmenování křesťanských úředníků do správy a rozšíření evropské křesťanské komunity v Súdánu vyvolalo otevřený odpor. Evropské obchodníky, většinou středomořského původu, Súdánci buď ignorovali, nebo tolerovali a omezili své kontakty na krajany v rámci vlastní komunity a na turko-egyptské úředníky, jejichž způsoby a oblečení často přejímali. Stali se mocnou a vlivnou skupinou, jejímž trvalým přínosem pro Súdán bylo převzetí iniciativy za otevření Bílého Nilu a jižního Súdánu pro plavbu a obchod poté, co Muḥammad ʿAlī v roce 1838 na nátlak evropských mocností zrušil státní obchodní monopoly v Súdánu.