O 3D-NuS
3D-NuS (3-Dimensional Nucleic Acid Structures) je webový server pro modelování a vizualizaci trojrozměrných struktur pravostranných i) intra/intermolekulárních duplexů DNA/RNA s nekanonickými páry bází spolu s jejich chimerickými formami & ii) hybridních duplexů RNA-DNA, iii) levostranných Z-DNA/Z-RNA duplexů, iv) triplexů a vi) intra/intermolekulárních G-kvadruplexů automatizovaným způsobem. Generuje také soubor konformací odpovídajících modelované struktuře.
3D-NuS sestavuje duplexy DNA a RNA obsahující všechny možné kombinace neshod spolu s kanonickými páry bází automatizovaným způsobem. 3D-NuS poskytuje možnost konstruovat různé formy triplexů a kvadruplexů pro různé typy kombinací vláken RNA/DNA spolu s různou orientací vláken. V současné době dokáže 3D-NuS generovat energeticky minimalizované modely 80 různých typů triplexů, 58 typů intra/intermolekulárních kvadruplexů, Z modelů DNA/RNA a chimér DNA/RNA spolu s různými neshodnými duplexy obsahujícími DNA nebo RNA a hybridními duplexy RNA-DNA pro libovolnou sekvenci a délku definovanou uživatelem. Tyto modely jsou podrobněji popsány v dokumentaci a na příslušné stránce molekulárního modelování.
