Metody zachycení konformace chromozomů (3C) měří frekvence kontaktů DNA na základě jaderné proximitní vazby, aby odhalily vzorce skládání genomu in vivo. 4C-seq je odvozená metoda 3C, určená k vyhledávání sekvencí kontaktujících vybrané genomové místo zájmu v genomu. 4C-seq využívá inverzní PCR a sekvenování nové generace k amplifikaci, identifikaci a kvantifikaci fragmentů DNA s proximitní vazbou. Na základě omezeného množství sekvenačních čtení vytváří kontaktní profily s vysokým rozlišením pro vybraná genomová místa. 4C-seq lze použít ke studiu mnoha aspektů organizace genomu. Slouží především k identifikaci specifických dálkových kontaktů DNA mezi jednotlivými regulačními moduly DNA, které tvoří například regulační chromatinové smyčky mezi enhancery a promotory nebo architektonické chromatinové smyčky mezi hranicemi domén spojených s kohezinem a CTCF. Kromě toho mohou kontaktní profily 4C-seq odhalit obrysy kontaktních domén a identifikovat strukturní domény, které společně obývají stejný jaderný kompartment. Zde předkládáme vylepšený postupný protokol pro přípravu vzorků a generování sekvenačních knihoven 4C-seq, včetně optimalizované strategie PCR a purifikace 4C templátu. Dále je k dispozici pipeline pro zpracování dat, která zpracovává multiplexovaná čtení 4C-seq přímo ze souborů FASTQ a generuje soubory kompatibilní se standardními prohlížeči genomů pro vizualizaci a další statistickou analýzu dat, jako je například volání píků pomocí peakC. Předložené protokoly a pipeline by měly každému snadno umožnit generovat, vizualizovat a interpretovat vlastní datové soubory 4C kontaktů s vysokým rozlišením.