Abortivní iniciace je normální proces transkripce a vyskytuje se jak in vitro, tak in vivo. Po každém kroku přidání nukleotidu v počáteční transkripci může RNA polymeráza stochasticky pokračovat na cestě k úniku promotoru (produktivní iniciace) nebo může uvolnit produkt RNA a vrátit se do otevřeného komplexu RNA polymeráza-promotor (abortivní iniciace). V této rané fázi transkripce vstupuje RNA polymeráza do fáze, během níž disociace transkripčního komplexu energeticky soutěží s procesem elongace. Abortivní cyklování není způsobeno silnou vazbou mezi iniciačním komplexem a promotorem.
Drhnutí DNAUpravit
Po mnoho let zůstával mechanismus, kterým se RNA polymeráza pohybuje podél vlákna DNA během abortivní iniciace, nepolapitelný. Bylo pozorováno, že RNA polymeráza během iniciace transkripce neuniká z promotoru, takže nebylo známo, jak může enzym číst řetězec DNA a přepisovat jej, aniž by se pohyboval po proudu. V posledním desetiletí studie odhalily, že abortivní iniciace zahrnuje drhnutí DNA, při němž RNA polymeráza zůstává nehybná, zatímco odvíjí a vtahuje DNA po proudu do transkripčního komplexu, aby nukleotidy prošly aktivním místem polymerázy, a tím přepsala DNA bez pohybu. To způsobuje, že se odvíjená DNA hromadí uvnitř enzymu, odtud název DNA „scrunching“. Při abortivní iniciaci se RNA polymeráza znovu navíjí a vyhazuje dolní část odvíjené DNA, uvolňuje RNA a vrací se do otevřeného komplexu RNA polymeráza-promotor; naproti tomu při produktivní iniciaci se RNA polymeráza znovu navíjí a vyhazuje horní část odvíjené DNA, přerušuje interakce RNA polymeráza-promotor, uniká z promotoru a vytváří komplex pro prodloužení transkripce.
V článku z roku 2006, který prokázal zapojení drhnutí DNA do počáteční transkripce, byla navržena myšlenka, že stres vzniklý při drhnutí DNA poskytuje hnací sílu jak pro abortivní iniciaci, tak pro produktivní iniciaci. Doprovodná práce publikovaná v témže roce potvrdila, že k detekovatelnému drhnutí DNA dochází v 80 % transkripčních cyklů a ve skutečnosti se odhaduje na 100 %, vzhledem k omezení schopnosti detekovat rychlé drhnutí (20 % drhnutí má trvání kratší než 1 sekundu).
Práce z roku 2016 ukázala, že k drhnutí DNA dochází také před syntézou RNA během výběru místa zahájení transkripce.