Acariformes lze rozdělit na dva hlavní rody – Sarcoptiformes a Trombidiformes. Kromě toho byla dříve považována za samostatnou i parafyletická skupina obsahující primitivní formy, Endeostigmata. Ta je tvořena pouze 10 čeleděmi málo prozkoumaných drobných roztočů s měkkým tělem, kteří požírají pevnou potravu, jako jsou houby, řasy a měkkotělní bezobratlí, např. hlístice, roupice a tardigrádi. Tyto rody byly dříve považovány za podřády, což však neumožňuje dostatečně přesné zařazení roztočů a v modernějších zpracováních je zrušeno; Endeostigmata jsou různě považována za samostatný podřád (starý názor) nebo jsou zahrnuta především do Sarcoptiformes, čímž se obě skupiny stávají monofyletickými.
Další často zmiňovanou skupinou je Actinedida, ale v zpracováních, jako je toto, je tato skupina rozdělena mezi Sarcoptiformes (a dříve samostatné Endeostigmata) a Trombidiformes (která obsahuje většinu „Actinedida“), protože se jeví jako masivně parafyletický „odpadkový taxon“, sdružující všechny Acariformes, kteří nejsou „typickými“ Oribatida a Astigmatina. Trombidiformes představují vlastní problém. Malá skupina Sphaerolichida se zdá být nejstarší linií mezi nimi. Prostigmata se však různě dělí na Anystina a Eleutherengona a Eupodina. Vymezení a vzájemné vztahy těchto skupin jsou zcela nejasné; zatímco většina analýz považuje jednu z posledních dvou skupin, ale ne druhou, za podskupinu Anystina; ani jedna z těchto vzájemně si odporujících hypotéz není příliš robustní; možná se jedná o prostou chybu, protože fylogenetický software obvykle selhává při zpracování nedichotomických fylogenezí. V důsledku toho může být prozatím nejlepší považovat každou ze tří hlavních prostigmatských linií za stejně odlišnou od ostatních dvou.