Mutace v genech TRIP11, SLC26A2 a COL2A1 způsobují achondrogenezi typu 1A, typu 1B a typu 2.
Genetická příčina achondrogeneze typu 1A byla donedávna neznámá, když vědci zjistili, že toto onemocnění může být důsledkem mutací v genu TRIP11. Tento gen poskytuje instrukce pro tvorbu bílkoviny zvané GMAP-210. Tento protein hraje klíčovou roli v Golgiho aparátu
, buněčné struktuře, ve které se nově vytvořené proteiny upravují, aby mohly plnit své funkce. Mutace v genu TRIP11 zabraňují tvorbě funkčního GMAP-210, což mění strukturu a funkci Golgiho aparátu. Vědci předpokládají, že nejcitlivější na tyto změny mohou být buňky zvané chondrocyty ve vyvíjející se kostře. Chondrocyty dávají vzniknout chrupavce, houževnaté a pružné tkáni, která tvoří většinu kostry během raného vývoje. Většina chrupavek se později přemění na kosti, s výjimkou chrupavek, které nadále pokrývají a chrání konce kostí a jsou přítomny v nose a vnějších uších. Porucha Golgiho aparátu v chondrocytech pravděpodobně stojí za problémy s tvorbou kosti u achondrogeneze typu 1A.
Achondrogeneze typu 1B je nejzávažnější ze spektra poruch skeletu způsobených mutacemi v genu SLC26A2. Tento gen poskytuje instrukce pro tvorbu proteinu, který je nezbytný pro normální vývoj chrupavky a pro její přeměnu na kost. Mutace v genu SLC26A2 způsobují kosterní problémy charakteristické pro achondrogenezi typu 1B tím, že narušují strukturu vyvíjející se chrupavky, což brání správnému formování kostí.
Achondrogeneze typu 2 je jednou z několika kosterních poruch, které jsou důsledkem mutací v genu COL2A1. Tento gen poskytuje instrukce pro tvorbu bílkoviny, která tvoří kolagen typu II. Tento typ kolagenu se nachází především v chrupavkách a v čirém gelu, který vyplňuje oční bulvu (sklivec). Je nezbytný pro normální vývoj kostí a dalších pojivových tkání, které tvoří podpůrnou kostru těla. Mutace v genu COL2A1 narušují sestavování molekul kolagenu typu II, což brání správnému vývoji kostí a dalších pojivových tkání
.