Protopopov byl v roce 1907 zvolen za centralistickou stranu Oktobristů jako delegát III. i IV. dumy. V roce 1912 byl Protopopov zvolen maršálkem šlechty Karsunského újezdu. V roce 1916 byl zvolen maršálem Simbirské gubernie a stal se také předsedou Rady kovozpracujícího průmyslu, ovládané bankami závislými na německých syndikátech.
V listopadu 1913 nebo v květnu 1914 byl Protopopov jmenován místopředsedou carské dumy za Michaila Rodzianka a v letech 1914-1916 zastával funkci místopředsedy. Protopopov založil noviny Russkaja volja („Vůle Ruska“), které byly financovány bankami, a jmenoval Nikolaje Gredeskula a Alexandra Amfiteatrova novináři. Podle Josefa T. Fuhrmanna byl Protopopov od konce roku 1915 celých šest měsíců hospitalizován na klinice Petra Badmajeva. Na jaře 1916 vedl Protopopov na Rodziankovu žádost delegaci poslanců Dumy s Pavlem Miljukovem s cílem posílit vztahy s mocnostmi Ententy, západními spojenci Ruska v první světové válce. Protopopov se setkal s německým průmyslníkem a politikem Hugo Stinnesem, bankéřem Fritzem M. Warburgem a švédským ministrem zahraničí Knutem Wallenbergem. Protopopov se po návratu z Francie a Spojeného království setkal s prudce nepřátelským přijetím ze strany probritských ruských liberálů a v sebeobraně tvrdil, že jednání inicioval Warburg. Protopopovovy tajné kontakty o míru a výměně mezi Ruskem a Německem se staly skandálem, který podle listu The New York Times svědčil o sbližování ruské a německé vlády. Protopopov byl všeobecně podezírán z kontaktů s německým diplomatem Hellmuthem Luciusem von Stoedtenem. V roce 1925 nacistický novinář Theodor Fritsch celý příběh přepsal a tvrdil, že Warburg zničil císařské Německo, podpořil komunistickou věc a změnil celý běh evropských dějin.)
Ministr vnitraEdit
Alexander Protopopov a dva pobočníci, září 1916
20. července 1916 se Protopopov oficiálně setkal s carem Mikulášem II, který ho označil za „člověka, který se mi velmi líbí“. Alexandr Kerenskij ho popsal jako „pohledného, elegantního, podmanivého ….umírněně liberálního a vždy příjemného“. Carevna Alexandra opakovaně naléhala na svého manžela, aby Protopopova jmenoval ministrem vnitra, neboť umístění místopředsedy dumy na klíčový post by mohlo zlepšit vztahy mezi dumou a monarchií. Ačkoli na Mikuláše zapůsobil Protopopovův šarm, zpočátku pochyboval o jeho vhodnosti pro funkci, která zahrnovala odpovědnost za policii a zásobování potravinami v době nestability a nedostatku. Protopopov neměl žádné byrokratické zkušenosti a o policii toho věděl jen málo. Car však schválil jeho jmenování vedoucím ministerstva vnitra někdy mezi 16. a 20. zářím 1916. Podle Richarda Pipese dostal Protopopov carte blanche k řízení země. Ačkoli byl dříve považován za poměrně liberálního, Protopopov viděl svou novou roli v zachování carské autokracie. Vzhledem k nepřítomnosti cara v sídle Stavky se zdálo, že vláda Ruska je řízena jako druh osobní péče mezi carevnou, Grigorijem Rasputinem a Protopopovem za pomocné asistence Anny Vyrubovové. Protopopov pokračoval v reakční politice svého předchůdce Borise Stürmera s podporou carevny.
Podle Rodzianka a Bernarda Parese byl v této době Protopopov psychicky labilní a jeho projevy byly nesouvislé. „Navzdory jeho plánování na papíře se zdá, že nikdy neměl žádný účinný návrh na řešení některého z vážných a kritických problémů, které tam měl vyřešit.“ (str. 3) V říjnu Protopopov navrhl, aby skupina petrohradských bankéřů nakoupila veškerý ruský chléb a rozvezla ho po zemi. Protopopov nařídil propustit Vladimíra Suchomlinova, bývalého ministra války, který byl zatčen v souvislosti s rozsáhlým skandálem týkajícím se obvinění z velezrady a zneužití moci a obviněn z odpovědnosti za četné brzké porážky Ruska v první světové válce. Když se ruská veřejnost dozvěděla, že Protopopov navštívil nyní již zchátralého a opovrhovaného Suchomlinova v jeho bytě, byl v Dumě ostře kritizován a poškodil pověst vlády. Protopopov hodlal potlačit veřejné organizace, zejména Zemgor a výbory válečného průmyslu, aby získal zpět podporu podnikatelské sféry, kterou znal lépe než cokoli jiného. V listopadu Protopopov usiloval o rozpuštění Dumy.
Alexander Trepov, nový premiér, informoval Protopopova, že si přeje, aby se vzdal funkce na ministerstvu vnitra a převzal ministerstvo obchodu, ale Protopopov to odmítl. V listopadu 1916 stanovil Trepov propuštění Protopopova jako nezbytnou podmínku přijetí předsednictví v Radě. Císařovna, která Trepova neměla ráda, se snažila udržet Protopopova v jeho vlivné funkci na ministerstvu vnitra. Dne 14. listopadu 1916 (O.S.) Trepov odcestoval do Stavky, aby se setkal s carem a projednal s ním rostoucí krizi způsobenou první světovou válkou, ale následujícího dne pohrozil rezignací. Dne 17. listopadu byl ministrem zahraničí jmenován Nikolaj Pokrovskij, který však kvůli neshodám s Protopopovem čtyřikrát oznámil rezignaci. Pokrovskij upřednostňoval přilákání amerického finančního kapitálu do ruské ekonomiky. Dne 7. prosince kabinet požadoval, aby Protopopov šel za carem a odstoupil, ale místo toho byl na žádost carevny jmenován ministrem. V prosinci 1916 Protopopov zakázal zemstvům schůzovat bez přítomnosti policejních agentů. „Protopopov se domníval, že tuto organizaci ovládá revoluční placený personál a že obecně požadavek opozičních aktivistů na roli v otázkách zásobování potravinami má sloužit k prosazování politických, a nikoliv praktických cílů“. Když se ukázalo, že problémy se zásobováním nejsou v Protopopovových silách zvládnout, zrušil požadavky na registraci židovských obyvatel Moskvy a dalších měst.
Protopopova často léčil Petr Badmajev, šarlatánský lékař blízký ruské carské rodině.
.