Vítejte!
|
|
Garrett M. Morris David S. Goodsell Ruth Huey William Lindstrom William E. Hart Scott Kurowski Scott Halliday Rik Belew Arthur J. Olson |
Co je AutoDock?
AutoDock je sada nástrojů pro automatické dokování. Je určen k předpovídání toho, jak se malé molekuly, například substráty nebo kandidáti na léčiva, vážou na receptor se známou 3D strukturou.
Současné distribuce programu AutoDock se skládají ze dvou generací softwaru: AutoDock 4 a AutoDock Vina.
AutoDock 4 se ve skutečnosti skládá ze dvou hlavních programů: autodock provádí dokování ligandu k sadě mřížek popisujících cílový protein; autogrid tyto mřížky předem vypočítá.
Kromě jejich použití pro dokování lze atomové afinitní mřížky vizualizovat. To může pomoci například chemikům zabývajícím se organickou syntézou při navrhování lepších pojiv.
AutoDock Vina nevyžaduje výběr typů atomů a předpočítání map mřížek pro ně. Místo toho počítá mřížky interně, pro potřebné typy atomů, a to prakticky okamžitě.
Vyvinuli jsme také grafické uživatelské rozhraní nazvané AutoDockTools, zkráceně ADT, které mimo jiné pomáhá nastavit, které vazby budou v ligandu považovány za otočné, a analyzovat dokování.
AutoDock má využití v:
|
 |
AutoDock 4 je zdarma a je k dispozici pod GNU General Public License. AutoDock Vina je k dispozici pod licencí Apache, která umožňuje komerční i nekomerční použití a šíření. Klikněte na záložku „Ke stažení“. A šťastné dokování!
Co je AutoDock Vina?
AutoDock Vina je nová generace softwaru pro dokování z laboratoře Molecular Graphics Lab. Dosahuje výrazného zlepšení průměrné přesnosti předpovědí vazebných režimů a zároveň je až o dva řády rychlejší než program AutoDock 4.1
Protože jsou skórovací funkce používané programy AutoDock 4 a AutoDock Vina odlišné a nepřesné, může v daném problému kterýkoli z programů poskytnout lepší výsledek.
Podrobné informace naleznete na webových stránkách programu AutoDock Vina.
Co je nového?
1. června 2009
AutoDock 4.2 je rychlejší než předchozí verze a umožňuje flexibilitu postranních řetězců v makromolekule. Stejně jako dříve je rigidní dokování oslnivě rychlé a kvalitní flexibilní dokování lze provést přibližně za minutu. Na jednom procesoru lze za den provést až 40 000 rigidních dokování.
AutoDock 4.2 má nyní funkci bodování volné energie, která je založena na lineární regresní analýze, silovém poli AMBER a ještě větší sadě různorodých komplexů protein-ligand se známými inhibičními konstantami, než jsme používali v AutoDocku 3.0.
. Nejlepší model byl křížově ověřen se samostatnou sadou komplexů proteázy HIV-1 a potvrdilo se, že standardní chyba je přibližně 2,5 kcal/mol. To je dostatečné k rozlišení mezi vodítky s mili-, mikro- a nanomolárními inhibičními konstantami.
Další informace o nových funkcích v aplikaci AutoDock 4.2 a o tom, jak je používat, si můžete přečíst v aplikaci AutoDock4.2 Uživatelská příručka.
AutoDock 4 je svobodný software
7. května 2007
Představení aplikace AutoDock 4 zahrnuje tři hlavní vylepšení:
- Výsledky dokování jsou přesnější a spolehlivější.
- Může volitelně modelovat flexibilitu cílové makromolekuly.
- To umožňuje použití programu AutoDock při vyhodnocování interakcí protein-protein.
AutoDock 4.0 je nejen rychlejší než dřívější verze, ale umožňuje flexibilitu postranních řetězců v makromolekule. Stejně jako dříve je rigidní dokování oslnivě rychlé a kvalitní flexibilní dokování lze provést přibližně za minutu. Až 40 000 rigidních dokování lze provést za den na jednom procesoru.
AutoDock 4.0 má nyní funkci bodování volné energie, která je založena na lineární regresní analýze, silovém poli AMBER a ještě větší sadě různorodých komplexů protein-ligand se známými inhibičními konstantami, než jsme používali v AutoDocku 3.0. Nejlepší model byl křížově ověřen se samostatnou sadou komplexů proteázy HIV-1 a potvrdilo se, že standardní chyba je přibližně 2,5 kcal/mol. To je dostatečné pro rozlišení vodítek s mili-, mikro- a nanomolárními inhibičními konstantami.
Další podrobnosti o nových funkcích si můžete přečíst v uživatelské příručce k programu AutoDock4.2.
Program AutoDock 4.0 lze zkompilovat tak, aby využíval nové vyhledávací metody z optimalizační knihovny ACRO, kterou vyvinul William E. Hart v Sandia National Labs. Přidali jsme také několik nových funkcí do stávajících evolučních metod. Stále poskytujeme metodu Monte Carlo simulovaného žíhání (SA) z verze 2.4 a dřívějších verzí. Lamarckův genetický algoritmus (LGA) je velkým vylepšením genetického algoritmu a obě genetické metody jsou mnohem efektivnější a robustnější než SA.
Mailing List and Forum
Založili jsme mailing list a fórum pro uživatele AutoDocku. Zde jsou další informace o seznamu AutoDock List (ADL). Adresa URL fóra je http://mgl.scripps.edu/forum.
Co je AutoDockTools (ADT)?
Vyvinuli jsme a nadále vylepšujeme náš grafický front-end pro AutoDock a AutoGrid, ADT (AutoDockTools). Běží v systémech Linux, Mac OS X, SGI IRIX a Microsoft Windows. Máme také nové výukové programy spolu s doprovodnými ukázkovými soubory.
Kde se AutoDock používá?
AutoDock je nyní distribuován více než 29 000 uživatelům po celém světě. Používá se v akademickém, vládním, neziskovém i komerčním prostředí. V lednu 2011 bylo při vyhledávání v ISI Citation Index zjištěno, že více než 2700 publikací citovalo primární dokumenty o metodách AutoDocku.
AutoDock je nyní šířen pod licencí GPL s otevřeným zdrojovým kódem a je volně k dispozici všem k použití. Vzhledem k omezením při začleňování softwaru s licencí GPL do jiných kódů za účelem dalšího šíření mohou některé společnosti chtít AutoDock licencovat na základě samostatné licenční smlouvy – což můžeme zařídit. Pro více informací kontaktujte Prof. Arthura J. Olsona na čísle + 1 (858) 784-2526.
Proč používat AutoDock?
AutoDock je široce používán a v literatuře existuje mnoho příkladů jeho úspěšného použití (viz Reference); v roce 2006 byl AutoDock nejcitovanějším dokovacím softwarem. Je velmi rychlý, poskytuje vysoce kvalitní předpovědi konformací ligandů a dobré korelace mezi předpovězenými inhibičními konstantami a experimentálními konstantami. AutoDock se také ukázal jako užitečný při slepém dokování, kdy není známa poloha vazebného místa. AutoDock je navíc svobodný software a verze 4 je šířena pod licencí GNU General Public License; lze ji také snadno získat.
Spusťte svůj výzkumný projekt AutoDock na síti World Community Grid!
Probíhá váš výzkum na systému AutoDock? Pokud ano, můžete využít bezplatný výpočetní výkon sítě World Community Grid k urychlení svého výzkumu. AutoDock již byl „grid-enabled“ technickým týmem World Community Grid a je provozován na World Community Grid s následujícími projekty:
- FightAIDS@Home projekt od The Scripps Research Institute.
- Projekt Discover Dengue Drugs – Together od The University of Texas Medical Branch.
- Pomozte v boji proti dětské rakovině
- Hledání antivirového léku proti chřipce
- Pojďte bojovat proti malárii
Prosím, prostudujte si kritéria výzkumných projektů sítě World Community Grid a pokud máte nápad na návrh projektu nebo jakékoliv dotazy, kontaktujte síť World Community Grid.