O tom, jak má být deník zařazen, se vedou spory. Zpočátku byl prezentován a čten jako dílo literatury faktu, ale v 80. letech 19. století byl přijat status fiktivního díla. Nadále se vedly debaty o tom, zda lze Defoea považovat za autora díla, a nikoli pouze za jeho editora. Edward Wedlake Brayley v roce 1835 napsal, že Deník „důrazně, není fikcí, není založen na fikci … paměti se děje velká nespravedlnost, když se takto představuje“. Brayley si dává záležet na tom, aby Defoeovo líčení porovnal se známými bona fide zprávami, jako je Loimologia od Dr. Nathaniela Hodgese (1672), deník Samuela Pepyse a Hrozný hlas Boží ve městě morem a ohněm od Thomase Vincenta (1667), a také s primárními prameny. Tento názor zastával i Watson Nicholson – psal v roce 1919 -, který tvrdil, že „v Deníku není jediné tvrzení vztahující se k historii velkého moru v Londýně, které by nebylo ověřeno“, a proto lze dílo považovat za „autentickou historii“. Podle Nicholsona je „věrným záznamem historických faktů … bylo tak zamýšleno jeho autorem“. Přinejmenším jeden z moderních literárních kritiků, Frank Bastian, souhlasil s tím, že „vymyšlené detaily jsou … malé a nepodstatné“ a že Deník „stojí blíže naší představě o historii než o fikci“ a že „veškeré pochybnosti, které zůstávají, zda jej označit za „fikci“, nebo za „historii“, vyplývají z dvojznačnosti obsažené v těchto slovech“.“
Jiní literární kritici tvrdili, že dílo je třeba považovat za dílo imaginativní fikce, a proto je lze oprávněně označit za „historický román“. Tento názor zastával Everett Zimmerman, který napsal, že „právě intenzita zaměření na vypravěče činí z Deníku morového roku spíše román než … historii“. Skutečně, Defoeovo použití vypravěče „H. F.“ a jeho počáteční prezentace Deníku jako vzpomínek očitého svědka morové epidemie je hlavním kamenem úrazu pro kritiky, kteří jej považují spíše za „román“ – „jednu ze zvláštních tříd skladeb, které se pohybují mezi románem a historií“, jak ji popsal sir Walter Scott – než za historickou zprávu. Walter George Bell, historik moru, poznamenal, že Defoe by neměl být považován za historika, protože nekriticky využívá své zdroje.
Scottův poněkud nejednoznačný názor na povahu Deníku sdílel i Defoeův první významný životopisec Walter Wilson, který o něm v knize Memoir of the Life and Times of Daniel De Foe (1830) napsal, že “ dokázal smíchat tolik autentického s výmysly svého mozku, že je nemožné rozlišit jedno od druhého; a dal celku takovou podobnost s děsivým originálem, že skeptika zmátl a obklopil ho svými kouzly.“ Podle Wilsona je dílo „spojenectvím mezi historií a fikcí“, v němž jedno neustále přechází v druhé a zase zpět. Tento názor sdílí i John Richetti, který označuje Deník za typ „pseudohistorie“, „hutně faktografickou, dokonce hrubě pravdivou knihu“, v níž „imaginace … občas vzplane a ovládne tato fakta“.
Tyto alternativní konceptualizace Deníku – jako fikce, historie nebo historie-fikce – nadále existují.