AAA+ ATPázy jsou enzymy obsahující P-smyčku NTPázové domény a fungují jako molekulární chaperony, ATPázové podjednotky proteáz, helikázy nebo ATPázy stimulované nukleovými kyselinami. Všechny dostupné sekvence a struktury domén proteinů AAA+ byly porovnány s cílem určit definitivní sekvenční a strukturní rysy těchto domén a odvodit hlavní události v jejich evoluci. Pomocí standardních fylogenetických metod, analýzy společných sekvenčních a strukturních znaků a shlukování na základě podobnosti byla vytvořena evoluční klasifikace třídy AAA+. Tato analýza vedla k identifikaci 26 hlavních rodin v rámci třídy ATPáz AAA+. Popisujeme také postavení AAA+ ATPáz vzhledem k třídám RecA/F1, helikázovým nadrodinám I/II, PilT a ABC NTPáz s P smyčkou. Zdá se, že třída AAA+ prošla časnou radiací do kladů clamp-loader, DnaA/Orc/Cdc6, klasické AAA a „pre-sensor 1 beta-hairpin“ (PS1BH). V rámci klad PS1BH tvoří chelatázy, MoxR, YifB, McrB, Dynein-midasin, NtrC a MCM monofyletickou sestavu definovanou odlišnou vložkou ve šroubovici-2 konzervovaného jádra ATPázy a dalším šroubovicovým segmentem mezi jádrem ATPázové domény a C-terminálním alfa-helikálním svazkem. K poslednímu univerzálnímu společnému předkovi (LUCA) současného buněčného života lze vysledovat nejméně 6 odlišných proteinů AAA+, které představují různé hlavní klady. Navíc helikázy nadrodiny III, které patří do sestavy PS1BH, byly v této fázi pravděpodobně přítomny v „sobeckých“ replikonech podobných virům. Další velká radiace, na bázi dvou prokaryotických říší, bakterií a archeí, dala vzniknout několika odlišným chaperonům, ATPázovým podjednotkám proteáz, DNA helikázám a transkripčním faktorům. Třetí hlavní radiace, na počátku evoluce eukaryot, přispěla ke vzniku několika specifických adaptací eukaryot souvisejících s jadernými a cytoskeletálními funkcemi. Nové vztahy a dříve nezjištěné domény, které jsou zde uvedeny, by mohly poskytnout nová vodítka pro zkoumání biologie AAA+ ATPáz.