V porovnání s jinými formáty protilátek, jako jsou IgG, Fab fragmenty nebo scFvs, mají VHH domény mnoho jedinečných vlastností a výhod.
První je, že s pouhými třemi smyčkami CDR a tendencí k dlouhým sekvencím CDR3 pokrývají VHH ve srovnání s konvenčními IgG odlišný, avšak překrývající se prostor epitopů. Obecně se zdá, že mají tendenci vázat se spíše na nativní, diskontinuální konformační epitopy než na lineární peptidové epitopy. Výjimkou jsou anti-Spot-Tag VHH a anti-Myc VHH společnosti ChromoTek, které rozpoznávají malé lineární peptidové značky.
VHH lze vyrábět v různých expresních systémech, od bakterií přes kvasinky až po savčí buňky. Stejně jako konvenční IgG je lze značit různými (fluorescenčními) barvivy, biotinem nebo jinými malými molekulami. Kromě toho mohou být kovalentně připojeny k povrchům, jako jsou agarosové kuličky nebo jiné matrice. Rovněž je možná funkcionalizace v závislosti na místě a stechiometrické připojování značek.
Díky své malé velikosti (přibližně 12-15 kDa) a struktuře s jedním řetězcem jsou VHH vhodné pro aplikace, pro které je velká velikost konvenčních IgG se čtyřmi peptidovými řetězci (150 kDa) nevýhodná, jako je mikroskopie se superrozlišením, průnik do tkání nebo techniky založené na FRET a ECL.
Důležité je, že domény VHH se dokonale hodí k vytváření formátů bispecifických protilátek, a to buď genetickou fúzí, nebo konjugací s jinými rekombinantními protilátkami. Jejich malá velikost, vysoká stabilita a dobrá expresivita je opět výhodná pro generování bi- nebo dokonce multispecifických molekul.
Navíc a na rozdíl od plných IgG mohou být některé VHH geneticky exprimovány intracelulárně a vázat se na příslušné intracelulární cílové proteiny. Po fúzi s fluorescenčními proteiny, jako je GFP nebo RFP, lze tyto sdAbs použít k intracelulární vizualizaci endogenních cílových struktur in vivo. Společnost ChromoTek nabízí celou řadu takových fúzí VHH-FP, nazývaných Chromobodies, např. pro in vivo vizualizaci aktinu, PCNA, jaderné lamely a dalších cytoskeletálních nebo jaderných struktur.