Om 3D-NuS
3D-NuS (3-Dimensional Nucleic Acid Structures) er en webserver til modellering og visualisering af 3-dimensionelle strukturer af højrehåndede i) intra/intermolekylære DNA/RNA-duplekser med ikke-kanoniske basepar sammen med deres kimeriske former & ii) RNA-DNA-hybridduplekser, iii) venstrehåndede Z-DNA/Z-RNA-duplexer, iv) triplexer og vi) intra/intermolekylære G-quadruplexer på en automatiseret måde. Den genererer også et ensemble af konformationer, der svarer til den modellerede struktur.
3D-NuS opbygger DNA- og RNA-duplexer, der indeholder alle mulige kombinationer af mismatches sammen med kanoniske basepar på en automatiseret måde. 3D-NuS giver mulighed for at konstruere forskellige former for triplexer og quadruplexer for forskellige typer af RNA/DNA-strengkombinationer sammen med forskellige strengorienteringer. På nuværende tidspunkt kan 3D-NuS generere energiminimerede modeller af 80 forskellige typer triplexer, 58 typer intra/intermolekylære quadruplexer, Z DNA/RNA- og DNA/RNA-chimera-modeller sammen med en række mismatch-holdige DNA- eller RNA-duplexer og RNA-DNA-hybrid-duplexer for enhver brugerdefineret sekvens og længde. Disse er yderligere beskrevet i dokumentationen og på den tilsvarende side om molekylær modellering.
