Chromosome conformation capture (3C)-metoder måler DNA-kontaktfrekvenser baseret på nukleær nærhedsligning for at afdække genomiske foldningsmønstre in vivo. 4C-seq er en afledt 3C-metode, der er designet til at søge i genomet efter sekvenser, der er i kontakt med et udvalgt genomisk sted af interesse. 4C-seq anvender invers PCR og næste generations sekventering til at amplificere, identificere og kvantificere de nærhedsligerede DNA-fragmenter. Det genererer kontaktprofiler med høj opløsning for udvalgte genomiske steder på grundlag af begrænsede mængder sekventeringslæsninger. 4C-seq kan bruges til at undersøge flere aspekter af genomets organisation. Det tjener primært til at identificere specifikke langtrækkende DNA-kontakter mellem individuelle regulatoriske DNA-moduler, der f.eks. danner regulatoriske kromatinsløjfer mellem enhancere og promotorer eller arkitektoniske kromatinsløjfer mellem cohesin- og CTCF-associerede domænegrænser. Derudover kan 4C-seq-kontaktprofiler afsløre konturerne af kontaktdomæner og kan identificere de strukturelle domæner, der er fælles om det samme nukleare rum. Her præsenterer vi en forbedret trinvis protokol til prøveforberedelse og generering af 4C-seq-sekventeringsbiblioteker, herunder en optimeret PCR- og 4C-skabelonoprensningsstrategi. Desuden leveres en databehandlingspipeline, som behandler multiplexede 4C-seq-reads direkte fra FASTQ-filer og genererer filer, der er kompatible med standard-genombrowsere til visualisering og yderligere statistisk analyse af dataene, f.eks. peak calling ved hjælp af peakC. Protokollerne og den præsenterede pipeline bør gøre det muligt for enhver at generere, visualisere og fortolke sine egne 4C-kontaktdatasæt med høj opløsning.