Politisk engagement
Abigail forblev en støttende ægtefælle og tillidsmand, efter at hendes mand blev præsident i 1797. Nogle kritikere protesterede mod Abigail’s indflydelse på sin mand og kaldte hende “fru præsident”. Nationens anden førstedame havde en travl hverdag, når hun var i Philadelphia, landets hovedstad på det tidspunkt. Abigail stod tidligt op for at tage sig af familie- og husholdningsanliggender og brugte en stor del af resten af dagen på at modtage besøgende og være vært for arrangementer. Hun tilbragte stadig meget tid tilbage i Massachusetts på grund af sit helbred.
Abigail og John var ikke altid enige om politiske spørgsmål. Under hendes mands præsidentperiode havde USA nogle problemer med Frankrig. Frankrig, der engang havde været en stor allieret, var midt i en revolution, da John blev præsident. Landet blev styret af en fem mand stor gruppe af ledere, kendt som Direktoratet, sammen med en lovgivende forsamling. Direktoratet havde stoppet handelen med USA og nægtede at mødes med amerikanske udsendinge. I 1798 fik præsident Adams at vide, at de franske embedsmænd ville føre forhandlinger for betydelige bestikkelser. Dette forsøg på afpresning faldt ikke i god jord hos ham, og han fortalte kongressen om hændelsen. Dokumenterne i forbindelse med hændelsen blev offentliggjort, og hele situationen blev kendt som X, Y, Z-affæren, da præsident Adams kun havde brugt bogstaver til at identificere de franske embedsmænd i stedet for deres navne. Abigail mente, at der skulle erklæres krig, mens John søgte en fredelig og mindre bekostelig løsning.
Parret var dog enige om Alien and Sedition Acts of 1798. De tre fremmedlove var rettet mod indvandrere, idet de forlængede ventetiden for naturalisering, gav regeringen mulighed for at tilbageholde fremmede undersåtter og tillod deportation af enhver udlænding, der blev anset for farlig. Sedition Act føderaliserede forbuddet mod ondsindede regeringsfjendtlige skrifter og andre værker, der opildner til modstand mod Kongressen eller præsidenten. I henhold til loven omfattede straffen bøder og fængselsstraffe. Abigail, der var en ivrig fortaler for sin mand, mente, at de, der offentliggjorde løgne om John, skulle straffes. Præsident Adams underskrev disse love og er siden blevet bebrejdet af historikere for denne indvandrerkritiske og ytringsfrihedsfjendtlige lovgivning.