Generelt dannes der negative ioner (atomer ioniseres) i en ionkilde. I heldige tilfælde giver dette allerede mulighed for undertrykkelse af en uønsket isobar, som ikke danner negative ioner (som 14N i tilfælde af 14C-målinger). De præ-accelererede ioner adskilles normalt af et første massespektrometer af sektorfelt-typen og kommer ind i en elektrostatisk “tandemaccelerator”. Dette er en stor kernepartikelaccelerator baseret på princippet om en tandem van de Graaff-accelerator, der arbejder ved 0,2 til mange millioner volt med to trin, der arbejder i tandem for at accelerere partiklerne. I forbindelsespunktet mellem de to trin skifter ionerne ladning fra negativ til positiv ved at passere gennem et tyndt lag stof (“stripping”, enten gas eller en tynd kulstoffolie). Molekyler vil gå fra hinanden i denne strippingfase. Den fuldstændige undertrykkelse af molekylære isobarer (f.eks. 13CH- i forbindelse med 14C-målinger) er en af grundene til AMS’ usædvanlige følsomhed over for stofmængder. Desuden fjerner slaget flere af ionens elektroner og omdanner den til en positivt ladet ion. I den anden halvdel af acceleratoren accelereres den nu positivt ladede ion væk fra det stærkt positive centrum af den elektrostatiske accelerator, som tidligere tiltrak den negative ion. Når ionerne forlader acceleratoren, er de positivt ladede og bevæger sig med flere procent af lysets hastighed. I et andet trin af massespektrometeret adskilles fragmenterne fra molekylerne fra de interessante ioner. Dette spektrometer kan bestå af magnetiske eller elektriske sektorer og såkaldte hastighedsvælgere, som udnytter både elektriske felter og magnetfelter. Efter dette trin er der ingen baggrund tilbage, medmindre der findes en stabil (atomar) isobar, der danner negative ioner (f.eks. 36S ved måling af 36Cl), som slet ikke undertrykkes af den hidtil beskrevne opsætning. Takket være ionernes høje energi kan disse ioner adskilles ved hjælp af metoder, der er lånt fra kernefysikken, som f.eks. degraderingsfolier og gasfyldte magneter. De enkelte ioner påvises endelig ved enkelt-ion-tælling (med silicium-overfladebarrieredetektorer, ioniseringskamre og/eller time-of-flight-teleskoper). Takket være ionernes høje energi kan disse detektorer give yderligere identifikation af baggrundsisobarer ved bestemmelse af kerneladninger.
GeneraliseringerRediger
Overstående er blot et eksempel. Der er andre måder, hvorpå AMS opnås; de fungerer dog alle på grundlag af forbedring af masseselektivitet og specificitet ved at skabe høje kinetiske energier før molekyldestruktion ved stripping, efterfulgt af enkelt-iontælling.