Velkommen!
|
|
Garrett M. Morris David S. Goodsell Ruth Huey William Lindstrom William E. Hart Scott Kurowski Scott Halliday Rik Belew Arthur J. Olson |
Hvad er AutoDock?
AutoDock er en suite af automatiserede docking-værktøjer. Det er designet til at forudsige, hvordan små molekyler, f.eks. substrater eller lægemiddelkandidater, binder til en receptor med en kendt 3D-struktur.
De nuværende distributioner af AutoDock består af to generationer af software: AutoDock 4 og AutoDock Vina.
AutoDock 4 består faktisk af to hovedprogrammer: autodock udfører docking af liganden til et sæt af gitre, der beskriver målproteinet; autogrid forudberegner disse gitre.
Ud over at bruge dem til docking kan de atomare affinitetsgitre visualiseres. Dette kan f.eks. være med til at vejlede organiske syntetiske kemikere i at designe bedre bindemidler.
AutoDock Vina kræver ikke valg af atomtyper og forudberegning af gitterkort for dem. I stedet beregner den gitterene internt for de atomtyper, der er brug for, og den gør det stort set øjeblikkeligt.
Vi har også udviklet en grafisk brugergrænseflade kaldet AutoDockTools, forkortet ADT, som blandt andet hjælper med at indstille, hvilke bindinger der skal behandles som roterbare i liganden, og med at analysere dockings.
AutoDock har anvendelser inden for:
|
 |
AutoDock 4 er gratis og er tilgængelig under GNU General Public License. AutoDock Vina er tilgængelig under Apache-licensen, som tillader kommerciel og ikke-kommerciel brug og videredistribution. Klik på fanen “Downloads”. Og god docking!
Hvad er AutoDock Vina?
AutoDock Vina er en ny generation af docking-software fra Molecular Graphics Lab. Det opnår betydelige forbedringer i den gennemsnitlige nøjagtighed af forudsigelserne af bindingstilstandene og er samtidig op til to størrelsesordener hurtigere end AutoDock 4.1
Da de scoringsfunktioner, der anvendes af AutoDock 4 og AutoDock Vina, er forskellige og upræcise, kan et af programmerne på et givet problem give et bedre resultat.
Detaljerede oplysninger kan findes på AutoDock Vina-webstedet.
Hvad er nyt?
1. juni 2009
AutoDock 4.2 er hurtigere end tidligere versioner, og det giver mulighed for at side kæder i makromolekylet kan være fleksible. Som tidligere er rigid docking blændende hurtig, og fleksibel docking af høj kvalitet kan udføres på omkring et minut. Op til 40.000 rigide docking kan udføres på en dag på en cpu.
AutoDock 4.2 har nu en scoringfunktion for fri energi, der er baseret på en lineær regressionsanalyse, AMBER-kraftfeltet og et endnu større sæt af forskellige protein-ligand-komplekser med kendte hæmningskonstanter, end vi brugte i AutoDock 3.0. Den bedste model blev krydsvalideret med et separat sæt af HIV-1 protease-komplekser, og det blev bekræftet, at standardfejlen er omkring 2,5 kcal/mol. Dette er nok til at skelne mellem ledninger med milli-, mikro- og nano-molære hæmningskonstanter.
Du kan læse mere om de nye funktioner i AutoDock 4.2, og hvordan du kan bruge dem i AutoDock4.2 brugervejledning.
AutoDock 4 er gratis software
7. maj 2007
Indførelsen af AutoDock 4 omfatter tre store forbedringer:
- Dockingresultaterne er mere præcise og pålidelige.
- Det kan valgfrit modellere fleksibilitet i målmakromolekylet.
- Det muliggør AutoDocks anvendelse til evaluering af protein-protein-interaktioner.
AutoDock 4.0 er ikke blot hurtigere end tidligere versioner, det tillader også, at sidekæder i makromolekylet kan være fleksible. Som tidligere er rigid docking blændende hurtig, og fleksibel docking af høj kvalitet kan udføres på omkring et minut. Op til 40.000 rigide docking kan udføres på en dag på en cpu.
AutoDock 4.0 har nu en scoringfunktion for fri energi, der er baseret på en lineær regressionsanalyse, AMBER-kraftfeltet og et endnu større sæt af forskellige protein-ligand-komplekser med kendte inhibitonkonstanter, end vi brugte i AutoDock 3.0. Den bedste model blev krydsvalideret med et separat sæt af HIV-1 protease-komplekser, og det blev bekræftet, at standardfejlen er omkring 2,5 kcal/mol. Dette er nok til at skelne mellem ledninger med milli-, mikro- og nano-molære hæmningskonstanter.
Du kan læse flere detaljer om de nye funktioner i AutoDock4.2 Brugervejledning.
AutoDock 4.0 kan kompileres for at drage fordel af nye søgemetoder fra optimeringsbiblioteket ACRO, der er udviklet af William E. Hart ved Sandia National Labs. Vi har også tilføjet nogle nye funktioner til vores eksisterende evolutionære metoder. Vi leverer stadig Monte Carlo simuleret annealing (SA)-metoden fra 2.4 og tidligere. Lamarckian Genetic Algorithm (LGA) er en stor forbedring af den genetiske algoritme, og begge genetiske metoder er meget mere effektive og robuste end SA.
Mailingliste og forum
Vi har oprettet en mailingliste og et forum for AutoDock-brugere. Her er flere oplysninger om AutoDock List (ADL). URL til forummet er http://mgl.scripps.edu/forum.
Hvad er AutoDockTools (ADT)?
Vi har udviklet og fortsætter med at forbedre vores grafiske front-end til AutoDock og AutoGrid, ADT (AutoDockTools). Det kører på Linux, Mac OS X, SGI IRIX og Microsoft Windows. Vi har også nye vejledninger sammen med tilhørende eksempelfiler.
Hvor bruges AutoDock?
AutoDock er nu blevet distribueret til mere end 29000 brugere rundt om i verden. Det bruges i akademiske, offentlige, nonprofit- og kommercielle sammenhænge. I januar 2011 viste en søgning i ISI Citation Index, at mere end 2700 publikationer har citeret de primære AutoDock-metodepapirer.
AutoDock distribueres nu under GPL open source-licensen og er frit tilgængeligt for alle til brug. På grund af de begrænsninger, der gælder for indarbejdelse af GPL-licenseret software i andre koder med henblik på videredistribution, vil nogle virksomheder måske ønske at licensere AutoDock under en separat licensaftale – hvilket vi kan arrangere. Kontakt venligst professor Arthur J. Olson på + 1 (858) 784-2526 for yderligere oplysninger.
Hvorfor bruge AutoDock?
AutoDock har været meget anvendt, og der er mange eksempler på dets vellykkede anvendelse i litteraturen (se referencer); i 2006 var AutoDock den mest citerede docking-software. Det er meget hurtigt, giver forudsigelser af høj kvalitet af ligandkonformiteter og gode korrelationer mellem forudsagte hæmningskonstanter og eksperimentelle konfirmationer. AutoDock har også vist sig at være nyttigt ved blind docking, hvor bindingsstedets placering ikke er kendt. Desuden er AutoDock gratis software, og version 4 distribueres under GNU General Public License; den er også let at få fat i.
Kør dit AutoDock-forskningsprojekt på World Community Grid!
Kører din forskning på AutoDock? Hvis ja, kan du måske være berettiget til at drage fordel af World Community Grids gratis computerkraft til at fremskynde din forskning. AutoDock er allerede blevet “grid-enabled” af World Community Grids tekniske team og kører på World Community Grid sammen med følgende projekter:
- FightAIDS@Home-projektet fra The Scripps Research Institute.
- Discover Dengue Drugs – Together-projektet fra The University of Texas Medical Branch.
- Hjælp med at bekæmpe børnekræft
- Søgning efter antivirale lægemidler mod influenza
- GO Fight Against Malaria
Se venligst World Community Grids kriterier for forskningsprojekter og kontakt World Community Grid, hvis du har en idé til et projektforslag eller har spørgsmål.