AAA+ ATPaser er enzymer, der indeholder et P-loop NTPase-domæne og fungerer som molekylære chaperoner, ATPase-underenheder af proteaser, helikaser eller nukleinsyre-stimulerede ATPaser. Alle tilgængelige sekvenser og strukturer af AAA+-protein-domæner blev sammenlignet med henblik på at identificere de definitive sekvens- og strukturtræk ved disse domæner og udlede de vigtigste begivenheder i deres udvikling. Der blev udviklet en evolutionær klassifikation af AAA+-klassen ved hjælp af standardfylogenetiske metoder, analyse af fælles sekvens- og struktursignaturer og similaritetsbaseret clustering. Denne analyse resulterede i identifikation af 26 hovedfamilier inden for AAA+ ATPase-klassen. Vi beskriver også AAA+ ATPasernes placering i forhold til RecA/F1, helicase superfamilier I/II, PilT og ABC-klasserne af P-loop NTPaser. AAA+-klassen synes at have gennemgået en tidlig udstråling i klasser af clamp-loader-, DnaA/Orc/Cdc6-, klassiske AAA- og “pre-sensor 1 beta-hairpin”-klasser (PS1BH). Inden for PS1BH-kladen danner chelataser, MoxR, YifB, McrB, Dynein-midasin, NtrC og MCM’er en monofyletisk samling, der er defineret af en særskilt indsættelse i helix-2 i den bevarede ATPase-kerne og et yderligere helikale segment mellem ATPase-kernen og det C-terminale alfa-helikale bundt. Mindst 6 forskellige AAA+-proteiner, som repræsenterer de forskellige hovedklasser, kan spores til den sidste universelle fælles forfader (LUCA) for det eksisterende cellulære liv. Desuden var superfamilie III-helikaser, som tilhører PS1BH-grupperingen, sandsynligvis til stede på dette stadium i viruslignende “selviske” replikoner. Den næste store stråling, der fandt sted i bunden af de to prokaryote riger, bakterier og arkæer, gav anledning til flere forskellige chaperoner, ATPase-underenheder af proteaser, DNA-helikaser og transkriptionsfaktorer. Den tredje store stråling, der fandt sted i begyndelsen af den eukaryote evolution, bidrog til adskillige eukaryotespecifikke tilpasninger i forbindelse med kerne- og cytoskeletale funktioner. De nye relationer og tidligere uopdagede domæner, der er rapporteret her, kan give nye spor til undersøgelse af AAA+ ATPasers biologi.