Muḥammad ʿAlī og hans efterfølgere
I juli 1820 sendte Muḥammad ʿAlī, vicekonge af Egypten under det osmanniske rige, en hær under sin søn Ismāʿīl for at erobre Sudan. Muḥammad ʿAli var interesseret i det guld og de slaver, som Sudan kunne levere, og han ønskede at kontrollere det store bagland syd for Egypten. I 1821 havde Funj og sultanen af Darfur overgivet sig, og det nilotiske Sudan fra Nubien til de etiopiske fodenge og fra Atbara-floden til Darfur blev en del af Muḥammad ʿAlīs ekspanderende imperium.
Inddrivelsen af skatter under Muḥammad ʿAlīs regime beløb sig til næsten konfiskering af guld, husdyr og slaver, og modstanden mod hans styre blev intens og brød til sidst ud i oprør og mordet på Ismāʿīl og hans livvagt. Men oprørerne manglede ledelse og koordinering, og deres oprør blev brutalt undertrykt. En sur fjendtlighed hos sudaneserne blev mødt med fortsat undertrykkelse indtil udnævnelsen af ʿAlī Khūrshīd Āghā som generalguvernør i 1826. Hans administration markerede en ny æra i de egyptisk-sudanesiske forbindelser. Han nedsatte skatterne og rådførte sig med sudaneserne gennem den respekterede sudanesiske leder ʿAbd al-Qādir wad al-Zayn. Der blev givet amnestibreve til flygtninge. Der blev indført et mere retfærdigt skattesystem, og den magtfulde klasse af hellige mænd og sheikhs (stammehøvdinge) fik støtte til administrationen ved at fritage dem for beskatning. Men ʿAlī Khūrshīd var ikke tilfreds med blot at genoprette Sudan til sin tidligere tilstand. Under hans initiativ blev handelsruterne beskyttet og udvidet, Khartoum blev udviklet som administrativ hovedstad, og der blev gennemført et væld af landbrugsmæssige og tekniske forbedringer. Da han trak sig tilbage til Cairo i 1838, efterlod han et velstående og tilfreds land bag sig.
Hans efterfølger, Aḥmad Pasha Abū Widān, fortsatte hans politik med få undtagelser og gjorde det til sin primære opgave at udrydde den officielle korruption. Abū Widān handlede skånselsløst mod lovovertrædere eller dem, der forsøgte at forpurre hans planer om at reorganisere beskatningen. Han var særlig glad for hæren, som nød godt af regelmæssig løn og tålelige forhold til gengæld for at bære hovedparten af ekspansionen og konsolideringen af den egyptiske administration i Kassalā og blandt Baqqārah-araberne i det sydlige Kordofan. Muḥammad ʿAlī, der mistænkte Abū Widān for illoyalitet, kaldte ham tilbage til Cairo i efteråret 1843, men han døde på mystisk vis, mange troede af gift, inden han forlod Sudan.
I de næste to årtier stagnerede landet på grund af en ineffektiv regering i Khartoum og vaklen hos vicekongeherrerne i Cairo. Hvis Abū Widāns efterfølgere besad administrativt talent, var de sjældent i stand til at vise det. Ingen af generalguvernørerne varede længe nok til at indføre sine egne planer, endsige videreføre sin forgængeres planer. Nye planer blev aldrig påbegyndt, og gamle projekter fik lov til at sygne hen. Uden ledelse blev hæren og bureaukratiet demoraliseret og ligegyldigt, mens sudaneserne blev utilfredse med regeringen. I 1856 besøgte vicekongen Saʿīd Pasha Sudan og overvejede, chokeret over det han så, at opgive det helt og holdent. I stedet afskaffede han embedet som generalguvernør og lod hver enkelt sudanesisk provins rapportere direkte til vicekongedømmet i Cairo. Denne tilstand varede ved indtil Saʿīds død i 1863.
I løbet af disse stille årtier begyndte imidlertid to ildevarslende udviklinger, som varslede fremtidige problemer. Som reaktion på pres fra de vestlige magter, især Storbritannien, blev Sudans generalguvernør beordret til at standse slavehandelen. Men ikke engang vicekongen selv kunne overvinde den etablerede skik med et pennestrøg og opførelsen af et par politiposter. Hvis begrænsningen af slavehandelen gav anledning til modstand blandt sudaneserne, vakte udnævnelsen af kristne embedsmænd i administrationen og udvidelsen af det europæiske kristne samfund i Sudan åbenlys vrede. De europæiske købmænd, som for det meste var af middelhavsoprindelse, blev enten ignoreret eller tolereret af sudaneserne og begrænsede deres kontakter til landsmænd inden for deres eget samfund og til de tyrkisk-egyptiske embedsmænd, hvis manerer og påklædning de ofte overtog. De blev en magtfuld og indflydelsesrig gruppe, hvis varige bidrag til Sudan var at gå i spidsen for at åbne Den Hvide Nil og det sydlige Sudan for sejlads og handel, efter at Muḥammad ʿAlī havde afskaffet de statslige handelsmonopoler i Sudan i 1838 under pres fra de europæiske magter.