Sammenlignet med andre antistofformater som IgG’er, Fab-fragmenter eller scFvs har VHH-domæner mange unikke egenskaber og fordele.
Først dækker VHH’er med kun tre CDR-sløjfer og en tendens til lange CDR3-sekvenser et andet, men overlappende, epitopområde sammenlignet med konventionelle IgG’er. Generelt synes der at være en tendens til at binde til native, diskontinuerlige konformationelle epitoper snarere end til lineære peptidepitoper. Undtagelser er ChromoTeks anti-Spot-Tag VHH og anti-Myc VHH, som genkender hhv. små lineære peptidmærker.
VHHH’er kan produceres i en række forskellige ekspressionssystemer, lige fra bakterier over gær til pattedyrceller. Ligesom konventionelle IgG’er kan de mærkes med en række forskellige (fluorescerende) farvestoffer, biotin eller andre små molekyler. Desuden kan de bindes kovalent til overflader, f.eks. agaroseperler eller andre matricer. Det er også muligt at foretage stedbestemt funktionalisering og stoikiometrisk mærkning.
På grund af deres lille størrelse (ca. 12-15 kDa) og enkeltkædestruktur er VHH’er velegnede til anvendelser, hvor den store størrelse af konventionelle IgG’er med fire peptidkæder (150 kDa) er uhensigtsmæssig, f.eks. superopløsningsmikroskopi, vævsindtrængning eller FRET- og ECL-baserede teknikker.
VHHH-domæner egner sig perfekt til at generere bispecifikke antistofformater, enten ved genetisk fusion eller ved konjugering til andre rekombinante antistoffer. Igen er deres lille størrelse, høje stabilitet og gode udtrykkelighed en fordel for generering af bi- eller endog multispecifikke molekyler.
Dertil kommer, at visse VHH-domæner i modsætning til fuldstændige IgG’er kan udtrykkes genetisk intracellulært og binde til deres respektive intracellulære målproteiner. Når de er fused til fluorescerende proteiner som GFP eller RFP, kan disse sdAbs anvendes til intracellulær visualisering af de endogene målstrukturer in vivo. ChromoTek tilbyder en række sådanne VHHH-FP-fusioner, kaldet Chromobodies, f.eks. til in vivo visualisering af aktin, PCNA, den nukleare lamina og andre cytoskeletale eller nukleare strukturer.