Sættet af “ekspansionssegmenter” af ethvert eukaryote 26S/28S ribosomalt RNA (rRNA)-gen er ansvarlig for størstedelen af forskellen i længde mellem det prokaryote 23S rRNA-gen og det eukaryote 26S/28S rRNA-gen. Ekspansionssegmenterne er også ansvarlige for de interspecifikke udsving i længden i løbet af den eukaryote evolution. De viser en konsekvent skævhed i basesammensætningen hos alle arter; f.eks. er de AT-rige hos Drosophila melanogaster og GC-rige hos hvirveldyrarter. Dot-matrix-sammenligninger af sæt af ekspansionssegmenter afslører store ligheder mellem medlemmer af et sæt inden for et hvilket som helst 28S rRNA-gen hos en art, i modsætning til den ringe eller falske lighed, der findes mellem sæt af ekspansionssegmenter fra fjernt beslægtede arter. Lighederne mellem medlemmerne af et sæt ekspansionssegmenter inden for et 28S rRNA-gen kan ikke forklares alene ved deres basesammensætningsbias. Derimod er der ikke nogen betydelig lighed inden for et sæt “kernesegmenter” (regioner mellem ekspansionssegmenter) i et 28S rRNA-gen, selv om kernesegmenter er bevaret mellem arter. Sættet af ekspansionssegmenter i et 26S/28S-gen udvikler sig samtidig som en enhed i hver art, samtidig med at familien af 28S rRNA-gener som helhed undergår en kontinuerlig homogenisering, hvilket gør alle sæt ekspansionssegmenter fra alle ribosomale DNA (rDNA)-arrays i en art ens i sekvensen. Analyse af DNA-enkelhed af 26S/28S rRNA-generne viser en direkte korrelation mellem signifikant høje relative enkelhedsfaktorer (RSF’er) og sekvenslighed blandt et sæt ekspansionssegmenter. Der er en lignende korrelation mellem RSF-værdierne, de samlede rDNA-længder og længderne af de enkelte ekspansionssegmenter. Sådanne korrelationer tyder på, at de fleste længdeudsving afspejler gevinst og tab af enkle sekvensmotiver ved glidelignende mekanismer. Vi diskuterer den molekylære coevolution af ekspansionssegmenter, som finder sted på baggrund af slippage-lignende og ulige crossing-over-mekanismer for omsætning, der er ansvarlige for ophobningen af interspecifikke forskelle i rDNA-sekvenser.