Kritikere af projektet hævder, at modtagerlandene bør forbedre forvaltningen af deres eget vand, før de importerer det fra lande uden for regionen. Biskop Luiz Flávio Cappio fra Bahia undrer sig også over, hvorfor der eksporteres vand, når der bor 3 mio. fattige langs São Francisco-flodens løb, hvoraf mange af dem ikke har rindende vand og ordentlige sanitære forhold. Han hævder, at overførslen “vil kræve enorme ressourcer, som kunne bruges på andre projekter, der er meget tættere på befolkningens virkelighed”. Det siges også, at projektet hovedsagelig vil komme de rigere landmænd til gode, som allerede har en kunstvandingsinfrastruktur på plads, og ikke de regnvandsbønder, som er hårdest ramt af tørke. Et andet argument fra kritikerne er den påståede mangel på vand i selve Sao Francisco-floden i den tørre sæson og den deraf følgende indvirkning på de akvatiske økosystemer. João Alves Filho, guvernør i delstaten Sergipe, siger f.eks., at der allerede er “tegn på dødelighed” der, hvor floden løber ud i havet. Marco Antônio Tavares Coelho, en fremtrædende modstander, siger, at “tørke er sertão’s naturlige tilstand”, og at det ville svare til at “fjerne isen fra Nordpolen”, hvis den blev udtørret. I 2001 afviste Verdensbanken angiveligt at finansiere projektet på grund af dets begrænsede virkning i forhold til bekæmpelse af fattigdom og tørke.