Forholdene i fængslet var forfærdelige. Det havde beskidte gulve, var fyldt med lus, mørkt og dystert og stank af tobak og møg. Det var varmt om sommeren og koldt om vinteren. Jernstænger dækkede vinduerne. I et forsøg på at forhindre de anklagedes spøgelser i at flyve frit omkring og angribe de ramte, brugte fængselsbetjentene lænker til at fastholde de dømte – også de unge, gamle og syge. De fængslede skulle betale for deres kost og logi (ca. to shillings, sixpence om ugen) plus et gebyr for deres lænker. Det er usikkert, om der var nogen celler under jorden; “fangekælder” betød sandsynligvis hovedrummet på første sal.
Det var i Salem-fængslet, hvor Martha Corey blev ekskommunikeret før hendes hængning den 22. september. Det var herfra, at Giles Corey blev ført ud på en åben mark og knust til døde i et forsøg på at tvinge ham til at blive stillet for retten. Det 17-årige barnebarn af George Jacobs, som havde beskyldt sin bedstefar for hekseri, skrev et brev, hvori hun bad ham om tilgivelse, mens han ventede på sin henrettelse i Salem-fængslet. Margaret Jacobs var selv blevet anklaget, og i frygt havde hun tilstået hekseri og anklaget flere andre, herunder sin bedstefar, for det. Det var også her, at Mary Warren, John og Elizabeth Proctors tjenestepige, blev afhørt af dommerne og præsterne. Warren havde hævdet at være plaget og anklagede sine arbejdsgivere. Da hun fortrød, blev hun også anklaget for hekseri.
Når en person var blevet dømt for hekseri, var det normalt kun et spørgsmål om dage, før vedkommende blev henrettet. Essex County High Sheriff George Corwin hentede de dømte i fængslet, og de blev kørt på en vogn, med beridne vagter ved siden af, til henrettelsesstedet i udkanten af byen.
Et nyt fængsel i Salem blev bygget i 1813, på den anden side af Prison Lane, hvor den krydsede Bridge Street, tættere på North River. Det gamle fængsels bjælker blev brugt til at bygge en bolig på den gamle placering i 1863 af Abner Cheney Goodall. Goodall-familien, som stadig ejede bygningen i 1930’erne, åbnede Salems første “Witch City”-attraktion i dette årti. De genskabte et fængsel og tog entré for at besøge “Old Witch Jail and Dungeon”.
I midten af 1950’erne rev New England Telephone Company bygningen ned for at gøre plads til deres nye kontorbygning, der ligger på 10 Federal Street. Der var ikke meget opstandelse over tabet af det historiske sted. Den gamle attraktion flyttede til en bygning på Lynde Street, som oprindeligt var blevet bygget som kapel for East Church og derefter fra 1908 til 1980 var hjemsted for Salems Christian Science Church. Attraktionen, der åbnede i 1980, fungerer stadig i dag som Witch Dungeon Museum. Under udgravningen til den nye telefonbygning på Federal Street blev der fundet bjælker fra det gamle fængsel. I dag er en af dem udstillet på Salem Witch Museum, en er udstillet på Witch Dungeon Museum, og en er i Peabody Essex Museum’s samling.