Selv om han i første omgang var skuffet over, at den franske hovedflåde ikke befandt sig i Alexandria, vidste Nelson ud fra tilstedeværelsen af transportskibene, at de måtte være i nærheden. Kl. 14.00 den 1. august rapporterede udkigsposter på HMS Zealous, at franskmændene lå for anker i Aboukir-bugten, og dens signalløjtnant var lige før løjtnanten på HMS Goliath med signalet, men beskrev unøjagtigt 16 franske linjeskibe i stedet for 13. Samtidig observerede franske udkigsposter på Heureux, det niende skib i den franske linje, den britiske flåde ca. ni sømil ud for Aboukir-bugtens udmunding. Franskmændene rapporterede i første omgang kun 11 britiske skibe – Swiftsure og Alexander var stadig på vej tilbage fra deres rekognosceringsoperationer ved Alexandria og befandt sig derfor 3 sømil (5,6 km) vest for hovedflåden, uden for synsvidde. Troubridges skib, HMS Culloden, befandt sig også i nogen afstand fra hovedflåden, idet det bugserede et erobret handelsskib. Ved synet af franskmændene forlod Troubridge skibet og gjorde ihærdige forsøg på at slutte sig til Nelson igen. På grund af behovet for, at så mange sømænd skulle arbejde på land, havde Brueys ikke indsat nogen af sine lettere krigsskibe som spejdere, hvilket gjorde ham ude af stand til at reagere hurtigt på briternes pludselige fremkomst.
Mens hans skibe gjorde sig klar til kamp, beordrede Brueys sine kaptajner til at samles til en konference om Orient og kaldte i al hast sine landtropper tilbage, selv om de fleste stadig ikke var vendt tilbage ved slagets begyndelse. For at erstatte dem blev der taget et stort antal mænd ud af fregatterne og fordelt på linieskibene. Brueys håbede også på at lokke den britiske flåde ind på grundet ved Aboukirøen og sendte briggerne Alerte og Railleur ud for at fungere som lokkeduer i det lavvandede farvand. Klokken 16:00 var Alexander og Swiftsure også i sigte, om end i nogen afstand fra den britiske hovedflåde. Brueys gav ordre til at opgive planen om at forblive for anker og i stedet for at hans linie skulle sætte sejl. Blanquet protesterede mod denne ordre med den begrundelse, at der ikke var nok mænd om bord på de franske skibe til både at sejle skibene og bemande kanonerne. Nelson gav ordre til sine førende skibe om at sætte farten ned for at give den britiske flåde mulighed for at nærme sig i en mere organiseret formation. Dette overbeviste Brueys om, at briterne i stedet for at risikere en kamp om aftenen i et begrænset farvand, planlagde at vente til den følgende dag. Han tilbagekaldte sin tidligere ordre om at sejle. Brueys håbede måske, at forsinkelsen ville give ham mulighed for at slippe forbi briterne i løbet af natten og dermed følge Bonapartes ordre om ikke at angribe den britiske flåde direkte, hvis han kunne undgå det.
Nelson beordrede flåden til at sætte farten ned kl. 16.00 for at give sine skibe mulighed for at rigge “fjedre” på deres ankerkabler, et system til fastgørelse af bovankeret, der øgede stabiliteten og gjorde det muligt for hans skibe at svinge deres bredsider for at stå over for en fjende, mens de var stationære. Det øgede også manøvredygtigheden og mindskede derfor risikoen for at komme under rakende beskydning. Nelsons plan, der blev udformet gennem drøftelser med hans ledende kaptajner under hjemrejsen til Alexandria, var at rykke frem mod franskmændene og passere ned langs søsiden af den franske linjes forreste og midterste del, således at hvert fransk skib ville stå over for to britiske skibe, og det massive Orient ville kæmpe mod tre. Vindens retning betød, at den franske bagreste deling ikke ville være i stand til let at slutte sig til kampen og ville blive afskåret fra de forreste dele af linjen. For at sikre, at hans skibe ikke ved et uheld ville åbne ild mod hinanden i røgen og forvirringen under et natligt slag, beordrede Nelson, at hvert skib skulle forberede fire vandrette lygter ved spidsen af deres brammast og hejse et oplyst hvidt faneflag, som adskilte sig så meget fra den franske trikolore, at det ikke ville blive forvekslet ved dårlig sigtbarhed, hvilket reducerede risikoen for, at britiske skibe ville skyde på hinanden i mørket. Da hans skib blev gjort klar til kamp, holdt Nelson en sidste middag med Vanguard’s officerer og bekendtgjorde, da han rejste sig. Han sagde “Inden denne tid i morgen vil jeg have fået en peerage eller Westminster Abbey”, med henvisning til belønningen for sejren eller det traditionelle gravsted for britiske militærhelte.
Kort efter at den franske ordre om at sætte sejl blev opgivet, begyndte den britiske flåde atter hurtigt at nærme sig. Brueys, der nu forventede at komme under angreb samme nat, beordrede hvert af sine skibe til at sætte fjedre på deres ankerkabler og gøre sig klar til kamp. Han sendte Alerte i forvejen, som passerede tæt på de førende britiske skibe og derefter styrede skarpt mod vest hen over den lille sandbanke i håb om, at linieskibene kunne følge efter og gå på grund. Ingen af Nelsons kaptajner faldt for knebet, og den britiske flåde fortsatte ufortrødent. Kl. 17:30 kaldte Nelson et af sine to førende skibe, HMS Zealous under kaptajn Samuel Hood, som havde været i kapløb med Goliath for at være det første skib til at skyde på franskmændene. Admiralen beordrede Hood til at sætte den sikrest mulige kurs ind i havnen. Briterne havde ingen kort over bugtens dybde eller form, bortset fra en grov kortskitse, som Swiftsure havde fået fra en handelskaptajn, et upræcist britisk atlas på Zealous og et 35 år gammelt fransk kort om bord på Goliath. Hood svarede, at han ville foretage omhyggelige sonderinger, mens han rykkede frem for at teste vanddybden, og at “Hvis I vil tillade mig æren af at føre jer i kamp, vil jeg holde forspringet i gang”. Kort efter holdt Nelson en pause for at tale med briggen HMS Mutine, hvis kommandør, løjtnant Thomas Hardy, havde beslaglagt nogle søpiloter fra et lille alexandrinsk fartøj. Da Vanguard standsede op, bremsede de følgende skibe op. Dette bevirkede, at der opstod et hul mellem Zealous og Goliath og resten af flåden. For at modvirke denne effekt beordrede Nelson HMS Theseus under kaptajn Ralph Miller til at passere sit flagskib og slutte sig til Zealous og Goliath i avantgarden. Klokken 18:00 var den britiske flåde igen under fuld sejlads, Vanguard på sjettepladsen i rækken af ti skibe, mens Culloden trak efter mod nord og Alexander og Swiftsure skyndte sig at indhente dem mod vest. Efter den hurtige ændring fra en løs formation til en fast kamplinje hejste begge flåder deres flag; hvert britisk skib hejste ekstra unionsflag i sin rigning i tilfælde af, at dets hovedflag blev skudt væk. Kl. 18:20, da Goliath og Zealous hurtigt nærmede sig dem, åbnede de førende franske skibe Guerrier og Conquérant ild.
Ten minutter efter at franskmændene åbnede ild, krydsede Goliath, idet den ignorerede ild fra fortet til styrbord og fra Guerrier til bagbord, hvoraf det meste var for højt til at genere skibet, hovedet af den franske linje. Kaptajn Thomas Foley havde bemærket, da han nærmede sig, at der var et uventet hul mellem Guerrier og det lavvandede vand på grunden. Foley besluttede på eget initiativ at udnytte denne taktiske fejl og ændrede sin indfaldsvinkel for at sejle gennem hullet. Da Guerrier’s stævn kom inden for rækkevidde, åbnede Goliath ild og påførte alvorlig skade med en dobbeltskudt rakende bredside, da det britiske skib drejede til bagbord og passerede ned langs Guerrier’s uforberedte bagbordsside. Foleys Royal Marines og et kompagni østrigske grenadierer sluttede sig til angrebet og affyrede deres musketerer. Foley havde haft til hensigt at ankre op langs siden af det franske skib og angribe det tæt, men hans anker tog for lang tid om at gå ned, og hans skib passerede Guerrier helt. Goliath stoppede til sidst tæt på stævnen af Conquérant, åbnede ild mod den nye modstander og brugte de uengagerede styrbordskanoner til at udveksle lejlighedsvise skud med fregatten Sérieuse og bombefartøjet Hercule, som lå for anker inden for kamplinjen.
Foleys angreb blev fulgt af Hood i Zealous, som også krydsede den franske linje og med succes ankrede op ved siden af Guerrier på den plads, som Foley havde tiltænkt sig, og engagerede det førende skibs stævn fra tæt hold. I løbet af fem minutter var Guerrier’s formast faldet til jubel fra besætningerne på de nærgående britiske skibe. Den britiske fremrykningshastighed overraskede de franske kaptajner; de var stadig om bord på Orient og holdt konference med admiralen, da beskydningen begyndte. De satte hastigt deres både i vandet og vendte tilbage til deres skibe. Kaptajn Jean-François-Timothée Trullet fra Guerrier råbte ordrer fra sin pram til sine mænd om at gengælde ilden mod Zealous.
Det tredje britiske skib i aktion var HMS Orion under kaptajn Sir James Saumarez, som rundede engagementet i spidsen af kamplinjen og passerede mellem den franske hovedlinje og de fregatter, som lå tættere på kysten. Mens det gjorde det, åbnede fregatten Sérieuse ild mod Orion, hvorved to mand blev såret. Konventionen i søkrigsførelse på den tid var, at linieskibe ikke angreb fregatter, når der var skibe af samme størrelse til at angribe, men ved at skyde først havde den franske kaptajn Claude-Jean Martin negeret denne regel. Saumarez ventede, indtil fregatten var på nært hold, før han svarede. Orion behøvede kun én bredside for at reducere fregatten til et vrag, og Martins uarbejdsdygtige skib drev væk over grundet. Under den forsinkelse, som denne omvej medførte, sluttede to andre britiske skibe sig til kampen: Theseus, der var blevet forklædt som et førsteklasses skib, fulgte Foleys spor hen over Guerrier’s stævn. Miller styrede sit skib gennem midten af nærkampen mellem de forankrede britiske og franske skibe, indtil han mødte det tredje franske skib, Spartiate. Millers skib ankrede til bagbord og åbnede ild på tæt hold. HMS Audacious under kaptajn Davidge Gould krydsede den franske linje mellem Guerrier og Conquérant, ankrede op mellem skibene og beskød dem begge. Orion sluttede sig derefter igen til kampen længere sydpå end planlagt og beskød det femte franske skib, Peuple Souverain, og admiral Blanquets flagskib, Franklin.
De næste tre britiske skibe, Vanguard i spidsen efterfulgt af HMS Minotaur og HMS Defence, forblev i kamplinjeformation og ankrede op på styrbord side af den franske linje kl. 18:40. Nelson fokuserede sit flagskibs ild på Spartiate, mens kaptajn Thomas Louis i Minotaur angreb den uengagerede Aquilon, og kaptajn John Peyton i Defence sluttede sig til angrebet på Peuple Souverain. Da den franske avantgarde nu var stærkt underlegen i antal, gik de følgende britiske skibe, HMS Bellerophon og HMS Majestic, forbi nærkampen og rykkede frem mod det indtil da uengagerede franske centrum. Begge skibe kæmpede snart mod fjender, der var meget stærkere end dem selv, og begyndte at tage alvorlig skade. Kaptajn Henry Darby på Bellerophon missede sit planlagte anker nær Franklin og fandt i stedet sit skib under hovedbatteriet på det franske flagskib. Kaptajn George Blagdon Westcott på Majestic missede også sin station og kolliderede næsten med Heureux, der kom under kraftig beskydning fra Tonnant. Da Westcott ikke kunne standse i tide, blev Westcott’s fokbom viklet ind i Tonnants skjold.
Franskmændene led også, admiral Brueys på Orient blev alvorligt såret i ansigtet og hånden af flyvende vragrester under den indledende ildveksling med Bellerophon. Det sidste skib i den britiske linje, Culloden under Troubridge, sejlede for tæt på Aboukir Island i det tiltagende mørke og blev fastlåst hurtigt på grunden. Trods ihærdige bestræbelser fra Cullodens både, briggen Mutine og den 50-kanoners HMS Leander under kaptajn Thomas Thompson, kunne linieskibet ikke flyttes, og bølgerne drev Culloden længere ind på holmen og påførte skibets skrog alvorlig skade.
Overgivelse af den franske avantgardeRediger
Klokken 19:00 blev identifikationslysene i den britiske flådes besanmast tændt. På dette tidspunkt var Guerrier blevet fuldstændig afmustret og stærkt ramponeret. Zealous var derimod næsten ikke blevet rørt: Hood havde placeret Zealous uden for buen af de fleste af det franske skibs bredsider, og under alle omstændigheder var Guerrier ikke forberedt på en kamp på begge sider på samme tid, da dens bagbordskanoner var blokeret af stores. Selv om deres skib var et vrag, nægtede besætningen på Guerrier at overgive sig og fortsatte med at affyre de få funktionsdygtige kanoner, når det var muligt, på trods af kraftig svarild fra Zealous. Ud over sin kanonild tilkaldte Hood sine marinesoldater og beordrede dem til at affyre salver af musketskud på dækket af det franske skib, hvilket drev besætningen ud af syne, men det lykkedes stadig ikke at få kaptajn Trullet til at overgive sig. Det var først kl. 21.00, da Hood sendte en lille båd til Guerrier med et bordingsteam, at det franske skib endelig overgav sig. Conquérant blev besejret hurtigere, efter at kraftige bredsider fra forbipasserende britiske skibe og de nærgående opmærksomheder fra Audacious og Goliath fik alle tre master ned inden kl. 19:00. Da hans skib var ubevægeligt og hårdt beskadiget, slog den dødeligt sårede kaptajn Etienne Dalbarade sit flag, og et bordingsteam overtog kontrollen. I modsætning til Zealous led disse britiske skibe relativt store skader i kampen. Goliath mistede det meste af sin rigning, fik skader på alle tre master og led mere end 60 tabte. Da hans modstandere var besejret, brugte kaptajn Gould på Audacious fjederen på sit kabel til at overføre ilden til Spartiate, det næste franske skib i rækken. Vest for slaget sank den ramponerede Sérieuse ned over grunden. Dens master stak ud af vandet, mens de overlevende kravlede op i både og roede mod kysten.
Overførslen af Audacious’ bredside til Spartiate betød, at kaptajn Maurice-Julien Emeriau nu stod over for tre modstandere. I løbet af få minutter var alle hans skibs tre master faldet, men slaget omkring Spartiate fortsatte indtil kl. 21.00, hvor den hårdt sårede Emeriau beordrede sit flag slået ned. Selv om Spartiate var i undertal, havde det fået støtte fra det næste skib i rækken, Aquilon, som var det eneste skib i den franske vaneskadre, der kæmpede mod en enkelt modstander, Minotaur. Kaptajn Antoine René Thévenard brugte fjederen på sit ankerkabel til at vinkle sin bredside i en rakende position tværs over stævnen på Nelsons flagskib, som derfor led mere end 100 tab, herunder admiralen. Omkring kl. 20.30 ramte en jernsplinter, affyret i et langskudsskud fra Spartiate, Nelson over hans blinde højre øje. Såret fik en hudlap til at falde ned over hans ansigt, hvilket gjorde ham midlertidigt helt blind. Nelson faldt sammen i armene på kaptajn Edward Berry og blev båret nedenunder. Han var sikker på, at hans sår var dødeligt, og han råbte: “Jeg er død, husk mig for min kone”, og kaldte på sin kapellan, Stephen Comyn. Såret blev straks inspiceret af Vanguard’s kirurg Michael Jefferson, som meddelte admiralen, at det var et simpelt kødsår, og han syede huden sammen. Nelson ignorerede efterfølgende Jeffersons instruktioner om at forblive inaktiv og vendte tilbage til agterdækket kort før eksplosionen på Orient for at overvåge de sidste faser af slaget. Selv om Thévenards manøvre var vellykket, placerede den hans egen stævn under Minotaur’s kanoner, og kl. 21:25 var det franske skib afmustret og smadret, kaptajn Thévenard dræbt og hans yngre officerer tvunget til at overgive sig. Da hans modstander var besejret, førte kaptajn Thomas Louis derefter Minotaur sydpå for at slutte sig til angrebet på Franklin.
Defence og Orion angreb det femte franske skib, Peuple Souverain, fra begge sider, og skibet mistede hurtigt for- og hovedmasterne. Om bord på Orion blev en træblok smadret af en af skibets master, hvilket dræbte to mænd og sårede kaptajn Saumarez i låret. På Peuple Souverain blev kaptajn Pierre-Paul Raccord hårdt såret og beordrede sit skibs ankerkabel skåret over i et forsøg på at undslippe bombardementet. Peuple Souverain drev sydpå mod flagskibet Orient, som ved en fejltagelse åbnede ild mod det mørke skib. Orion og Defence var ikke i stand til umiddelbart at forfølge den. Forsvaret havde mistet sin forreste topmast, og et improviseret brandskib, der drev gennem slaget, ramte Orion med nød og næppe. Oprindelsen af dette fartøj, en forladt og brændende skibsbåd lastet med letantændeligt materiale, er usikker, men det kan være blevet søsat fra Guerrier, da slaget begyndte. Peuple Souverain ankrede op ikke langt fra Orient, men tog ikke yderligere del i kampene. Det forulykkede skib overgav sig i løbet af natten. Franklin forblev i kamp, men Blanquet havde fået et alvorligt hovedskudsår og kaptajn Gillet var blevet båret ned under vandet bevidstløs med alvorlige sår. Kort efter brød en brand ud på agterdækket efter at et våbenskab var eksploderet, som besætningen til sidst med besvær fik slukket.
Men mod syd var HMS Bellerophon i alvorlige problemer, da den enorme bredside fra Orient hamrede skibet. Kl. 19:50 kollapsede både besanmasten og hovedmasten, og der udbrød samtidig brand flere steder. Selv om brandene blev slukket, havde skibet lidt mere end 200 tab. Kaptajn Darby erkendte, at hans position var uholdbar, og beordrede kl. 20:20 ankerkablerne skåret over. Det ramponerede skib drev væk fra slaget under fortsat beskydning fra Tonnant, da også formasten kollapsede. Orient havde også lidt betydelig skade, og admiral Brueys var blevet ramt i mellemgulvet af en kanonkugle, der næsten skar ham midt over. Han døde femten minutter senere, da han blev på dækket og nægtede at blive båret ned. Orients kaptajn, Luc-Julien-Joseph Casabianca, blev også såret, da han blev ramt i ansigtet af flyvende vragdele og blev slået bevidstløs, mens hans 12-årige søn fik et ben revet af af en kanonkugle, da han stod ved siden af sin far. Det sydligste britiske skib, Majestic, var kortvarigt blevet viklet ind i det 80-kanoners Tonnant, og i den efterfølgende kamp led det store tab. Kaptajn George Blagdon Westcott var blandt de døde, dræbt af fransk musketbeskydning. Løjtnant Robert Cuthbert overtog kommandoen og fik succesfuldt løsnet sit skib og lod det hårdt beskadigede Majestic drive videre sydpå, så det kl. 20.30 var placeret mellem Tonnant og det næste skib i linjen, Heureux, og angreb begge. For at støtte centret opgav kaptajn Thompson fra Leander de forgæves forsøg på at trække den strandede Culloden væk fra grunden og sejlede ned langs den slagne franske linje, gik ind i det hul, der var skabt af den drivende Peuple Souverain og åbnede en voldsom rakende ild mod Franklin og Orient.
Mens slaget rasede i bugten, gjorde de to efterslæbende britiske skibe store anstrengelser for at deltage i kampen, idet de fokuserede på de lynende kanonskud i mørket. Kaptajn Benjamin Hallowell i Swiftsure, der var advaret væk fra Aboukir-skovene af den grundstødte Culloden, passerede nærkampen i spidsen af linjen og rettede sit skib mod den franske midte. Kort efter kl. 20.00 blev der set en afmustret skrog, der drev foran Swiftsure, og Hallowell beordrede i første omgang sine mænd til at skyde, men tog ordren tilbage, da han var bekymret for det fremmede fartøjs identitet. Da Hallowell kaldte på det ødelagte skib, fik han svaret: “Bellerophon, går ud af drift, ukampdygtig”. Hallowell, der var lettet over, at han ikke ved et uheld havde angrebet et af sine egne skibe i mørket, trak op mellem Orient og Franklin og åbnede ild mod dem begge. Alexander, det sidste britiske skib, der ikke var blevet angrebet, og som var fulgt efter Swiftsure, trak op tæt på Tonnant, som var begyndt at drive væk fra det kriseramte franske flagskib. Kaptajn Alexander Ball sluttede sig derefter til angrebet på Orient.
Ødelæggelse af OrientRediger
Klokken 21:00 observerede briterne en brand på de nederste dæk på Orient, det franske flagskib. Da kaptajn Hallowell identificerede den fare, som dette udgjorde for Orient, gav han sine kanonbesætninger ordre til at affyre deres kanoner direkte ind i ilden. Vedvarende britisk kanonild spredte flammerne i hele skibets agterstavn og forhindrede alle forsøg på at slukke dem. I løbet af få minutter var ilden steget op i riggen og havde sat ild til de store sejl. De nærmeste britiske skibe, Swiftsure, Alexander og Orion, indstillede alle skydningen, lukkede deres kanonporte og begyndte at bevæge sig væk fra det brændende skib i afventning af detonationen af de enorme ammunitionslagre, der var oplagret om bord. Desuden tog de besætningerne væk fra kanonerne for at danne ildgrupper og for at sætte sejl og dæk i blød i havvand for at hjælpe med at dæmme op for eventuelle brande, der kunne opstå. Ligeledes klippede de franske skibe Tonnant, Heureux og Mercure alle deres ankerkabler og drev sydpå væk fra det brændende skib. Kl. 22.00 nåede ilden magasinerne, og Orient blev ødelagt af en voldsom eksplosion. Eksplosionen var kraftig nok til at rive sømmene i de nærmeste skibe op, og brændende vragdele landede i en stor cirkel, hvoraf meget af det fløj direkte over de omkringliggende skibe ud i havet. Faldende vragdele startede brande på Swiftsure, Alexander og Franklin, selv om det i alle tilfælde lykkedes hold af sømænd med vandspande at slukke flammerne, på trods af en sekundær eksplosion på Franklin.
Det er aldrig blevet fastslået med sikkerhed, hvordan branden på Orient brød ud, men en almindelig fortælling er, at krukker med olie og maling var blevet efterladt på poopdækket i stedet for at blive stuvet ordentligt ned, efter at malingen af skibets skrog var blevet afsluttet kort før slaget. Brændende vat fra et af de britiske skibe menes at være drevet op på poopdækket og have antændt malingen. Ilden spredte sig hurtigt gennem admiralens kahyt og ind i et klargjort magasin, hvor der opbevaredes kadaverammunition, som var beregnet til at brænde voldsommere i vand end i luft. Alternativt rapporterede flådekaptajn Honoré Ganteaume senere, at årsagen var en eksplosion på agterdækket, forudgået af en række mindre brande på hoveddækket blandt skibets både. Uanset hvad der var årsagen til branden, spredte den sig hurtigt i skibets rigning, ukontrolleret af brandpumperne om bord, som var blevet smadret af britiske skud. En anden brand begyndte derefter ved stævnen og fangede hundredvis af sømænd i skibets talje. Ved efterfølgende arkæologiske undersøgelser blev der fundet vragrester spredt ud over 500 meter havbund og beviser for, at skibet var blevet ramt af to enorme eksplosioner efter hinanden. Hundredvis af mænd dykkede ned i havet for at undslippe flammerne, men færre end 100 overlevede eksplosionen. Britiske både samlede ca. 70 overlevende op, herunder den sårede stabsofficer Léonard-Bernard Motard. Nogle få andre, heriblandt Ganteaume, formåede at nå land på flåder. Resten af besætningen, der talte mere end 1.000 mand, blev dræbt, herunder kaptajn Casabianca og hans søn, Giocante.
I ti minutter efter eksplosionen blev der ikke skudt; sømænd fra begge sider var enten for chokerede af eksplosionen eller desperat ved at slukke brande om bord på deres egne skibe til at fortsætte kampen. I løbet af denne stilstand gav Nelson ordre til at sende både ud for at trække overlevende op af vandet omkring resterne af Orient. Kl. 22:10 genoptog Franklin kampen ved at skyde på Swiftsure. Blanquets skib blev isoleret og ramt, og det blev snart afmustret, og admiralen, der led et alvorligt hovedskader, blev tvunget til at overgive sig af den kombinerede ildkraft fra Swiftsure og Defence. Mere end halvdelen af Franklins besætning var blevet dræbt eller såret.
Ved midnat var kun Tonnant fortsat engageret, da kommandør Aristide Aubert Du Petit Thouars fortsatte sin kamp mod Majestic og skød på Swiftsure, da det britiske skib bevægede sig inden for rækkevidde. Klokken 03:00, efter mere end tre timers nærkamp, havde Majestic mistet sin stor- og besanmast, mens Tonnant var et ødelagt skrog. Selv om kaptajn Du Petit Thouars havde mistet begge ben og en arm, beholdt han kommandoen, idet han insisterede på at få fastnaglet trikoloren til masten for at forhindre, at den blev ramt, og han gav ordrer fra sin position på dækket i en spand med hvede. Under hans ledelse drev den ramponerede Tonnant gradvist sydpå væk fra kampene for at slutte sig til den sydlige division under Villeneuve, som ikke formåede at bringe disse skibe i effektiv kamp. Under hele kampen havde den franske bagtrop opretholdt en vilkårlig ild mod de kæmpende skibe foran. Den eneste mærkbare effekt var, at Timoléons ror blev smadret af fejlagtigt rettet ild fra det nærliggende Généreux.
MorningEdit
Som solen stod op kl. 04:00 den 2. august, udbrød der igen ild mellem den franske sydlige division bestående af Guillaume Tell, Tonnant, Généreux og Timoléon og de ramponerede Alexander og Majestic. Selv om de britiske skibe kortvarigt var underlegne, fik de snart selskab af Goliath og Theseus. Mens kaptajn Miller manøvrerede sit skib i stilling, kom Theseus kortvarigt under beskydning fra fregatten Artémise. Miller vendte sit skib mod Artémise, men kaptajn Pierre-Jean Standelet slog sit flag og beordrede sine mænd til at forlade fregatten. Miller sendte en båd under løjtnant William Hoste for at tage det tomme skib i besiddelse, men Standelet havde sat ild til sit skib, da han forlod det, og Artémise sprang i luften kort tid efter. De overlevende franske linieskibe, der dækkede deres tilbagetog med kanonild, trak sig gradvist mod øst væk fra kysten kl. 06:00. Zealous forfulgte og var i stand til at forhindre fregatten Justice i at borde Bellerophon, som lå for anker i den sydlige spids af bugten og undergik hastige reparationer.
To andre franske skibe fløj stadig med trikoloren, men ingen af dem var i stand til hverken at trække sig tilbage eller kæmpe. Da Heureux og Mercure havde klippet deres ankerkabler over for at undslippe den eksploderende Orient, var deres besætninger gået i panik, og ingen af kaptajnerne (som begge var såret) havde formået at genvinde kontrollen over sit skib. Resultatet var, at begge skibe var drevet ind på grunden. Alexander, Goliat, Theseus og Leander angreb de strandede og forsvarsløse skibe, og begge overgav sig i løbet af få minutter. Den afledte opmærksomhed fra Heureux, Mercure og Justice gjorde det muligt for Villeneuve at bringe de fleste af de overlevende franske skibe til bugtens munding kl. 11.00. På det sønderskudte Tonnant var kommandør Du Petit Thouars nu død af sine sår og blev smidt over bord på sin egen anmodning. Da skibet ikke var i stand til at holde den nødvendige hastighed, blev det drevet i land af sin besætning. Timoléon var for langt sydpå til at undslippe med Villeneuve, og da han forsøgte at slutte sig til de overlevende, var han også strandet på grundet. Kraften af slaget fik skibets formast til at gå af led. De resterende franske skibe, linieskibene Guillaume Tell og Généreux samt fregatterne Justice og Diane, samlede sig og gik ud på havet, forfulgt af Zealous. Trods ihærdige anstrengelser kom kaptajn Hoods isolerede skib under kraftig beskydning og var ikke i stand til at afskære den forfølgende Justice, mens de franske overlevende flygtede mod havet. Zealous blev ramt af et antal franske skud og mistede en mand dræbt.
Fra resten af den 2. august foretog Nelsons skibe improviserede reparationer og bordede og konsoliderede deres bytte. Culloden havde især brug for assistance. Troubridge, der endelig havde slæbt sit skib væk fra grunden kl. 02:00, fandt ud af, at det havde mistet sit ror og tog mere end 120 lange tons (122 t) vand ind i timen. Nødereparationer af skroget og fremstilling af et erstatningsroder fra en ekstra topmast tog det meste af de næste to dage. Om morgenen den 3. august sendte Nelson Theseus og Leander ud for at fremtvinge overgivelsen af de grundstødte Tonnant og Timoléon. Tonnant, hvis dæk var overfyldt med 1.600 overlevende fra andre franske skibe, overgav sig, da de britiske skibe nærmede sig, mens Timoléon blev sat i brand af den resterende besætning, som derefter flygtede til kysten i små både. Timoléon eksploderede kort efter middagstid og var det ellevte og sidste franske linieskib, der blev ødelagt eller taget til fange under slaget.