Über 3D-NuS
3D-NuS (3-Dimensional Nucleic Acid Structures) ist ein Webserver für die Modellierung und Visualisierung dreidimensionaler Strukturen von rechtshändigen i) intra/intermolekularen DNA/RNA-Duplexen mit nicht-kanonischen Basenpaaren zusammen mit ihren chimären Formen & ii) RNA-DNA-Hybrid-Duplexen, iii) linkshändige Z-DNA/Z-RNA-Duplexe, iv) Triplexe und vi) intra-/intermolekulare G-Quadruplexe auf automatisierte Weise. Es erzeugt auch ein Ensemble von Konformationen, die der modellierten Struktur entsprechen.
3D-NuS baut DNA- und RNA-Duplexe, die alle möglichen Kombinationen von Fehlpaarungen zusammen mit kanonischen Basenpaaren enthalten, automatisch auf. 3D-NuS bietet die Möglichkeit, verschiedene Formen von Triplexen und Quadruplexen für verschiedene Arten von RNA/DNA-Strangkombinationen mit unterschiedlichen Strangrichtungen zu konstruieren. Gegenwärtig kann 3D-NuS energieminimierte Modelle von 80 verschiedenen Triplex-Typen, 58 Arten von intra-/intermolekularen Quadruplexen, Z-DNA/RNA- und DNA/RNA-Chimären-Modellen sowie eine Vielzahl von Mismatch-haltigen DNA- oder RNA-Duplexen und RNA-DNA-Hybrid-Duplexen für beliebige benutzerdefinierte Sequenzen und Längen erzeugen. Diese sind in der Dokumentation und auf der entsprechenden Molekularmodellierungsseite näher beschrieben.
