Wie das Journal zu klassifizieren ist, ist umstritten. Anfangs wurde es als Sachbuch dargestellt und gelesen, doch in den 1780er Jahren wurde der fiktionale Status des Werks akzeptiert. Die Debatte darüber, ob Defoe als Autor des Werks und nicht nur als sein Herausgeber angesehen werden kann, hielt an. Edward Wedlake Brayley schrieb 1835, das Journal sei „ausdrücklich keine Fiktion, nicht auf Fiktion beruhend … dem Gedächtnis wird großes Unrecht getan, es so darzustellen“. Brayley vergleicht Defoes Bericht mit bekannten, gutgläubigen Berichten wie der Loimologia von Dr. Nathaniel Hodges (1672), dem Tagebuch von Samuel Pepys und Thomas Vincents God’s Terrible Voice in the City by Plague and Fire (1667) sowie mit Primärquellen. Diese Ansicht vertrat auch Watson Nicholson, der 1919 argumentierte, dass es „keine einzige Aussage im Journal gibt, die sich auf die Geschichte der Großen Pest in London bezieht und die nicht verifiziert wurde“, so dass das Werk als „authentische Geschichte“ angesehen werden kann. Es ist, so Nicholson, „eine getreue Aufzeichnung historischer Tatsachen … von seinem Autor so beabsichtigt“. Mindestens ein moderner Literaturkritiker, Frank Bastian, hat zugestimmt, dass „das erfundene Detail … klein und unwesentlich ist“ und dass das Journal „unserer Vorstellung von Geschichte näher steht als der von Fiktion“, und dass „alle verbleibenden Zweifel, ob man es als „Fiktion“ oder „Geschichte“ bezeichnen soll, aus den diesen Worten innewohnenden Zweideutigkeiten entstehen.“
Andere Literaturkritiker haben argumentiert, dass das Werk als ein Werk der phantasievollen Fiktion betrachtet werden sollte und daher zu Recht als „historischer Roman“ bezeichnet werden kann. Diese Ansicht vertrat Everett Zimmerman, der schrieb: „Es ist die Intensität der Konzentration auf den Erzähler, die A Journal of the Plague Year eher zu einem Roman als zu einer … Geschichte macht.“ In der Tat ist Defoes Verwendung des Erzählers „H.F.“ und seine anfängliche Darstellung des Journals als die Erinnerungen eines Augenzeugen der Pest der Hauptknackpunkt für Kritiker, die es eher als eine „Romanze“ – „eine der besonderen Klasse von Kompositionen, die zwischen Romanze und Geschichte schwebt“, wie sie von Sir Walter Scott beschrieben wurde – denn als einen historischen Bericht betrachten. Walter George Bell, ein Historiker der Pest, bemerkte, dass Defoe nicht als Historiker betrachtet werden sollte, weil er seine Quellen unkritisch verwendet.
Scotts etwas zweideutige Ansicht über die Natur des Journals wurde von Defoes erstem großen Biographen, Walter Wilson, geteilt, der in Memoir of the Life and Times of Daniel De Foe (1830) darüber schrieb, dass „er es geschafft hat, so viel Authentisches mit den Erfindungen seines eigenen Gehirns zu vermischen, dass es unmöglich ist, das eine vom anderen zu unterscheiden; und er hat dem Ganzen eine solche Ähnlichkeit mit dem furchtbaren Original gegeben, dass es den Skeptiker verwirrt und ihn mit seinen Zaubereien umgibt.“ Für Wilson ist das Werk ein „Bündnis zwischen Geschichte und Fiktion“, in dem das eine immer wieder in das andere übergeht und wieder zurück. Diese Ansicht wird von John Richetti geteilt, der das Journal als eine Art „Pseudogeschichte“ bezeichnet, ein „dickes faktisches, sogar grob wahrheitsgetreues Buch“, in dem „die Phantasie … gelegentlich aufflackert und diese Fakten beherrscht“
Diese alternativen Konzeptualisierungen des Journals – als Fiktion, Geschichte oder History-cum-Fiction – existieren weiterhin.