abYsis ist ein webbasiertes Antikörper-Forschungssystem, das eine integrierte Datenbank mit Antikörpersequenz- und -strukturdaten enthält. Das System kann auf zahlreiche Arten abgefragt werden – von einfachen Text- und Sequenzsuchen bis hin zu ausgefeilten Abfragen, die 3D-Strukturbeschränkungen anwenden. Die öffentlich verfügbare Version enthält voranalysierte Sequenzdaten aus dem European Molecular Biology Laboratory European Nucleotide Archive (EMBL-ENA) und Kabat sowie Strukturdaten aus der Protein Data Bank. Auch eigene Sequenzen können über das Webinterface analysiert werden. Ein entscheidendes Merkmal von abYsis ist, dass die Sequenzen automatisch mit einer Reihe von gängigen Schemata wie Kabat und Chothia nummeriert und anschließend mit Schlüsselinformationen wie komplementäritätsbestimmenden Regionen und potenziellen posttranslationalen Modifikationen annotiert werden. Ein einzigartiger Aspekt von abYsis ist eine Reihe von Häufigkeitstabellen für jede Position in einem Antikörper, die es ermöglichen, „ungewöhnliche Reste“ (solche, die selten an einer bestimmten Position vorkommen) hervorzuheben und Entscheidungen darüber zu treffen, welche Mutationen akzeptabel sein könnten. Dies ist besonders nützlich beim Vergleich von Antikörpern aus verschiedenen Spezies. abYsis ist für jeden Forscher nützlich, der sich auf Antikörper-Engineering spezialisiert hat, insbesondere für diejenigen, die Antikörper als Medikamente entwickeln. abYsis ist verfügbar unter www.abysis.org.