Die Acariformes können in zwei Hauptgruppen unterteilt werden – Sarcoptiformes und Trombidiformes. Darüber hinaus wurde früher auch eine paraphyletische Gruppe mit primitiven Formen, die Endeostigmata, als eigenständig angesehen. Letztere setzt sich aus nur 10 Familien wenig erforschter, winziger Weichkörpermilben zusammen, die feste Nahrung wie Pilze, Algen und wirbellose Weichkörper wie Fadenwürmer, Rädertierchen und Bärtierchen aufnehmen. Diese Gruppen wurden früher als Unterordnungen betrachtet, was jedoch keine hinreichend genaue Klassifizierung der Milben ermöglicht und in moderneren Behandlungen abgeschafft wird; die Endeostigmata werden entweder als eigene Unterordnung betrachtet (die alte Ansicht) oder sind hauptsächlich in den Sarcoptiformes enthalten, so dass beide Gruppen monophyletisch sind.
Eine weitere Gruppe, die oft erwähnt wird, sind die Actinedida, aber in Abhandlungen wie der vorliegenden wird sie zwischen den Sarcoptiformes (und früher den separaten Endeostigmata) und den Trombidiformes (die den Großteil der „Actinedida“ enthalten) aufgeteilt, weil sie ein massiv paraphyletisches „Abfalltaxon“ zu sein scheint, das alle Acariformes vereint, die keine „typischen“ Oribatida und Astigmatina sind. Die Trombidiformes haben ihre eigenen Probleme. Die kleine Gruppe Sphaerolichida scheint die älteste Linie unter ihnen zu sein. Die Prostigmata werden jedoch auf verschiedene Weise in die Anystina und Eleutherengona sowie die Eupodina unterteilt. Die Abgrenzung und die Beziehungen zwischen diesen Gruppen sind völlig unklar; die meisten Analysen kommen zu dem Schluss, dass eine der beiden letztgenannten Gruppen, nicht aber die andere, eine Untergruppe der Anystina ist; keine dieser sich gegenseitig widersprechenden Hypothesen ist sehr robust; möglicherweise handelt es sich um einen einfachen Fehler, weil phylogenetische Software in der Regel bei der Handhabung von nicht dichotomen Phylogenien versagt. Folglich ist es wohl am besten, jede der drei Prostigmatan-Hauptlinien als gleichwertig von den beiden anderen zu betrachten.