Willkommen!
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Garrett M. Morris David S. Goodsell Ruth Huey William Lindstrom William E. Hart Scott Kurowski Scott Halliday Rik Belew Arthur J. Olson |
Was ist AutoDock?
AutoDock ist eine Reihe von automatischen Docking-Tools. Es wurde entwickelt, um vorherzusagen, wie kleine Moleküle, z. B. Substrate oder Arzneimittelkandidaten, an einen Rezeptor mit bekannter 3D-Struktur binden.
Die aktuellen Versionen von AutoDock bestehen aus zwei Softwaregenerationen: AutoDock 4 und AutoDock Vina.
AutoDock 4 besteht eigentlich aus zwei Hauptprogrammen: autodock führt das Andocken des Liganden an einen Satz von Gittern durch, die das Zielprotein beschreiben; autogrid berechnet diese Gitter vor.
Neben der Verwendung für das Andocken können die atomaren Affinitätsgitter auch visualisiert werden. Dies kann zum Beispiel dazu beitragen, dass Chemiker der organischen Synthese bessere Bindemittel entwerfen.
AutoDock Vina erfordert nicht die Auswahl von Atomtypen und die Vorberechnung von Gitterkarten für diese. Stattdessen berechnet es intern die Gitter für die benötigten Atomtypen, und zwar praktisch sofort.
Wir haben auch eine grafische Benutzeroberfläche namens AutoDockTools, kurz ADT, entwickelt, die unter anderem dabei hilft, einzustellen, welche Bindungen im Liganden als drehbar behandelt werden, und Andockungen zu analysieren.
AutoDock findet Anwendung in:
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AutoDock 4 ist frei und unter der GNU General Public License verfügbar. AutoDock Vina steht unter der Apache-Lizenz zur Verfügung, die die kommerzielle und nicht-kommerzielle Nutzung und Weiterverbreitung erlaubt. Klicken Sie auf die Registerkarte „Downloads“. Und viel Spaß beim Docking!
Was ist AutoDock Vina?
AutoDock Vina ist eine neue Generation von Docking-Software aus dem Molecular Graphics Lab. Sie erzielt erhebliche Verbesserungen bei der durchschnittlichen Genauigkeit der Bindungsmodusvorhersagen und ist gleichzeitig bis zu zwei Größenordnungen schneller als AutoDock 4.1
Da die von AutoDock 4 und AutoDock Vina verwendeten Bewertungsfunktionen unterschiedlich und ungenau sind, kann jedes der beiden Programme bei einem bestimmten Problem ein besseres Ergebnis liefern.
Detaillierte Informationen finden Sie auf der AutoDock Vina-Website.
Was ist neu?
1. Juni 2009
AutoDock 4.2 ist schneller als frühere Versionen und erlaubt es, Seitenketten im Makromolekül flexibel zu gestalten. Wie bisher ist starres Andocken blitzschnell, und flexibles Andocken in hoher Qualität kann in etwa einer Minute erledigt werden. Bis zu 40.000 starre Andockvorgänge können an einem Tag auf einer CPU durchgeführt werden.
AutoDock 4.2 verfügt jetzt über eine Bewertungsfunktion für die freie Energie, die auf einer linearen Regressionsanalyse, dem AMBER-Kraftfeld und einem noch größeren Satz verschiedener Protein-Ligand-Komplexe mit bekannten Hemmungskonstanten basiert, als wir in AutoDock 3.0 verwendet haben. Das beste Modell wurde mit einem separaten Satz von HIV-1-Protease-Komplexen kreuzvalidiert, wobei sich bestätigte, dass der Standardfehler bei etwa 2,5 kcal/mol liegt. Dies reicht aus, um zwischen Leitstrukturen mit milli-, mikro- und nanomolaren Hemmkonstanten zu unterscheiden.
Sie können mehr über die neuen Funktionen in AutoDock 4.2 und deren Verwendung im AutoDock4.2 User Guide.
AutoDock 4 ist freie Software
May 7, 2007
Die Einführung von AutoDock 4 umfasst drei wesentliche Verbesserungen:
- Die Docking-Ergebnisse sind genauer und zuverlässiger.
- Es kann optional Flexibilität im Zielmakromolekül modellieren.
- Es ermöglicht den Einsatz von AutoDock bei der Bewertung von Protein-Protein-Wechselwirkungen.
AutoDock 4.0 ist nicht nur schneller als frühere Versionen, sondern erlaubt auch flexible Seitenketten im Makromolekül. Wie bisher ist das starre Andocken blitzschnell, und ein hochwertiges flexibles Andocken kann in etwa einer Minute durchgeführt werden. Bis zu 40.000 starre Andockvorgänge können an einem Tag auf einer CPU durchgeführt werden.
AutoDock 4.0 verfügt jetzt über eine Bewertungsfunktion für die freie Energie, die auf einer linearen Regressionsanalyse, dem AMBER-Kraftfeld und einem noch größeren Satz verschiedener Protein-Ligand-Komplexe mit bekannten Inhibitonenkonstanten basiert, als wir in AutoDock 3.0 verwendet haben. Das beste Modell wurde mit einem separaten Satz von HIV-1-Protease-Komplexen kreuzvalidiert, wobei sich bestätigte, dass der Standardfehler bei etwa 2,5 kcal/mol liegt. Dies reicht aus, um zwischen Leitstrukturen mit milli-, mikro- und nanomolaren Hemmkonstanten zu unterscheiden.
Weitere Einzelheiten zu den neuen Funktionen finden Sie im AutoDock4.2-Benutzerhandbuch.
AutoDock 4.0 kann so kompiliert werden, dass es die neuen Suchmethoden der von William E. Hart an den Sandia National Labs entwickelten Optimierungsbibliothek ACRO nutzt. Wir haben auch einige neue Funktionen zu unseren bestehenden evolutionären Methoden hinzugefügt. Wir bieten nach wie vor die Monte-Carlo-Methode des simulierten Glühens (SA) von 2.4 und früher an. Der Lamarcksche Genetische Algorithmus (LGA) ist eine große Verbesserung des Genetischen Algorithmus, und beide genetischen Methoden sind viel effizienter und robuster als SA.
Mailingliste und Forum
Wir haben eine Mailingliste und ein Forum für AutoDock-Benutzer eingerichtet. Hier finden Sie weitere Informationen über die AutoDock-Liste (ADL). Die URL für das Forum lautet http://mgl.scripps.edu/forum.
Was ist AutoDockTools (ADT)?
Wir haben unser grafisches Front-End für AutoDock und AutoGrid, ADT (AutoDockTools), entwickelt und verbessern es weiter. Es läuft auf Linux, Mac OS X, SGI IRIX und Microsoft Windows. Wir haben auch neue Tutorien, zusammen mit begleitenden Beispieldateien.
Wo wird AutoDock eingesetzt?
AutoDock wurde inzwischen an mehr als 29000 Benutzer in der ganzen Welt verteilt. Es wird in akademischen, behördlichen, gemeinnützigen und kommerziellen Einrichtungen eingesetzt. Im Januar 2011 ergab eine Suche im ISI Citation Index, dass mehr als 2700 Publikationen die primären AutoDock-Methodenpapiere zitiert haben.
AutoDock wird jetzt unter der Open-Source-Lizenz GPL vertrieben und ist für alle frei verfügbar. Aufgrund der Einschränkungen bei der Einbindung von GPL-lizenzierter Software in andere Codes zum Zwecke der Weiterverbreitung möchten einige Unternehmen AutoDock möglicherweise unter einer separaten Lizenzvereinbarung lizenzieren – was wir arrangieren können. Bitte kontaktieren Sie Prof. Arthur J. Olson unter + 1 (858) 784-2526 für weitere Informationen.
Warum AutoDock?
AutoDock ist weit verbreitet und es gibt viele Beispiele für seine erfolgreiche Anwendung in der Literatur (siehe Referenzen); im Jahr 2006 war AutoDock die am häufigsten zitierte Docking-Software. Es ist sehr schnell, liefert qualitativ hochwertige Vorhersagen von Ligandenkonformationen und gute Korrelationen zwischen vorhergesagten Hemmkonstanten und experimentellen Konstanten. AutoDock hat sich auch beim Blinddocking als nützlich erwiesen, wenn die Lage der Bindungsstelle nicht bekannt ist. Außerdem ist AutoDock freie Software, und die Version 4 wird unter der GNU General Public License vertrieben; sie ist auch leicht zu bekommen.
Lassen Sie Ihr AutoDock-Forschungsprojekt auf dem World Community Grid laufen!
Läuft Ihre Forschung auf AutoDock? Wenn ja, können Sie möglicherweise von der kostenlosen Rechenleistung des World Community Grid profitieren, um Ihre Forschung zu beschleunigen. AutoDock wurde bereits vom technischen Team von World Community Grid „grid-enabled“ und wird auf World Community Grid mit den folgenden Projekten betrieben:
- FightAIDS@Home-Projekt des Scripps Research Institute.
- Discover Dengue Drugs – Together project von The University of Texas Medical Branch.
- Helfen Sie bei der Bekämpfung von Kinderkrebs
- Suche nach antiviralen Grippemitteln
- GO Kampf gegen Malaria
Bitte prüfen Sie die Kriterien für Forschungsprojekte von World Community Grid und wenden Sie sich an World Community Grid, wenn Sie eine Idee für einen Projektvorschlag oder Fragen haben.