Die Bedingungen im Gefängnis waren entsetzlich. Es hatte einen schmutzigen Boden, war verlaust, dunkel, düster und stank nach Tabak und Dung. Im Sommer war es heiß und im Winter kalt. Die Fenster waren mit Eisengittern versehen. Um zu verhindern, dass die Gespenster der Angeklagten frei herumfliegen und die Leidenden heimsuchen, hielten die Gefängniswärter die Verurteilten – junge, alte und kranke Menschen eingeschlossen – mit Fesseln fest. Die Gefangenen mussten für Unterkunft und Verpflegung (etwa zwei Schilling und sechs Pence pro Woche) sowie für die Ketten bezahlen. Es ist ungewiss, ob es unterirdische Zellen gab; mit „Kerker“ war wahrscheinlich der Hauptraum im ersten Stock gemeint.
Im Gefängnis von Salem wurde Martha Corey exkommuniziert, bevor sie am 22. September gehängt wurde. Von hier aus wurde Giles Corey auf ein offenes Feld gebracht und zu Tode gequetscht, um ihn zu zwingen, vor Gericht zu erscheinen. Die 17-jährige Enkelin von George Jacobs, die ihren Großvater der Hexerei beschuldigt hatte, schrieb einen Brief und bat ihn um Vergebung, während er im Gefängnis von Salem auf seine Hinrichtung wartete. Margaret Jacobs war selbst angeklagt worden und hatte aus Angst die Hexerei gestanden und mehrere andere beschuldigt, darunter auch ihren Großvater. Hier wurde auch Mary Warren, die Dienerin von John und Elizabeth Proctor, von den Richtern und Reverends verhört. Warren hatte behauptet, von einer Krankheit befallen zu sein, und beschuldigte ihre Arbeitgeber. Als sie widerrief, wurde auch sie der Hexerei angeklagt.
Wurde eine Person der Hexerei überführt, war es in der Regel nur eine Frage von Tagen, bis sie hingerichtet wurde. Der Sheriff von Essex County, George Corwin, holte die Verurteilten im Gefängnis ab und brachte sie auf einem Karren mit berittenen Wachen zur Hinrichtungsstätte am Rande der Stadt.
1813 wurde ein neues Gefängnis in Salem gebaut, und zwar auf der anderen Seite der Prison Lane, wo sie sich mit der Bridge Street kreuzte, näher am North River. Die Balken des alten Gefängnisses wurden 1863 von Abner Cheney Goodall zum Bau eines Wohnhauses an der alten Stelle verwendet. Die Familie Goodall, die das Gebäude noch in den 1930er Jahren besaß, eröffnete in jenem Jahrzehnt Salems erste „Hexenstadt“-Attraktion. Sie bauten ein Gefängnis nach und verlangten Eintritt für den Besuch des „Old Witch Jail and Dungeon“
Mitte der 1950er Jahre riss die New England Telephone Company das Gebäude ab, um Platz für ihr neues Bürogebäude in der Federal Street 10 zu schaffen. Der Aufschrei über den Verlust der historischen Stätte war gering. Die alte Attraktion zog in ein Gebäude in der Lynde Street um, das ursprünglich als Kapelle für die East Church gebaut worden war und dann von 1908 bis 1980 die Christian Science Church von Salem beherbergte. Die 1980 eröffnete Attraktion wird noch heute als Witch Dungeon Museum betrieben. Bei den Aushubarbeiten für das neue Telefongebäude in der Federal Street wurden Balken des alten Gefängnisses entdeckt. Heute ist einer davon im Salem Witch Museum ausgestellt, einer im Witch Dungeon Museum und einer in der Sammlung des Peabody Essex Museum.