Das Bild entstand zu einer Zeit, als Friedrich mit dem umstrittenen Tetschener Altar seinen ersten öffentlichen Erfolg und die Anerkennung der Kritik hatte. Obwohl es sich bei Friedrichs Gemälden um Landschaften handelt, entwarf und malte er sie in seinem Atelier, wobei er frei gezeichnete Pleinair-Skizzen verwendete, aus denen er die stimmungsvollsten Elemente auswählte, um sie in eine ausdrucksstarke Komposition zu integrieren. Die Abtei im Eichenwald basiert auf Studien der Ruinen der Abtei von Eldena, die in mehreren anderen Gemälden wieder auftauchen. Die gleichen Bäume sind in leicht abgewandelter Form auch in anderen Werken zu sehen.
Die Abtei Eldena mag für Friedrich eine persönliche Bedeutung gehabt haben, da sie im Dreißigjährigen Krieg von den einmarschierenden schwedischen Truppen zerstört wurde, die später Ziegelsteine der Abtei zum Bau von Befestigungsanlagen verwendeten. In dem Gemälde zieht Friedrich eine Parallele zwischen diesen Handlungen und der Nutzung von Greifswalder Kirchen als Kasernen durch französische Besatzungssoldaten. So wird das Begräbnis zum Symbol für „das Begräbnis der deutschen Hoffnungen auf Auferstehung“.
Friedrich hat möglicherweise im Juni 1809 nach einem Aufenthalt auf Rügen in Neubrandenburg mit der Arbeit an Das Kloster im Eichenwald begonnen. Am 24. September 1810, kurz vor der Berliner Akademieausstellung, beschrieb Carl Friedrich Frommann die untergehende Sonne und den Halbmond des fast vollendeten Gemäldes.