Muḥammad ʿAlī und seine Nachfolger
Im Juli 1820 schickte Muḥammad ʿAlī, Vizekönig von Ägypten unter dem Osmanischen Reich, eine Armee unter seinem Sohn Ismāʿīl, um den Sudan zu erobern. Muḥammad ʿAli war an dem Gold und den Sklaven interessiert, die der Sudan liefern konnte, und wollte das riesige Hinterland südlich von Ägypten kontrollieren. Bis 1821 hatten die Funj und der Sultan von Darfur kapituliert, und der nilotische Sudan von Nubien bis zu den äthiopischen Ausläufern und vom Atbara-Fluss bis nach Darfur wurde Teil von Muḥammad ʿAlīs expandierendem Reich.
Die Steuererhebung unter Muḥammad ʿAlīs Regime lief praktisch auf die Konfiszierung von Gold, Vieh und Sklaven hinaus, und der Widerstand gegen seine Herrschaft wurde immer heftiger, bis er schließlich in einer Rebellion und der Ermordung von Ismāʿīl und seiner Leibwache ausbrach. Den Aufständischen fehlte es jedoch an Führung und Koordination, und ihr Aufstand wurde brutal niedergeschlagen. Der mürrischen Feindseligkeit der Sudanesen wurde mit fortgesetzter Unterdrückung begegnet, bis ʿAlī Khūrshīd Āghā 1826 zum Generalgouverneur ernannt wurde. Seine Regierung leitete eine neue Ära in den ägyptisch-sudanesischen Beziehungen ein. Er senkte die Steuern und konsultierte die Sudanesen über den angesehenen sudanesischen Führer ʿAbd al-Qādir wad al-Zayn. Flüchtigen wurden Amnestie-Briefe gewährt. Ein gerechteres Steuersystem wurde eingeführt, und die Unterstützung der mächtigen Klasse der heiligen Männer und Scheichs (Stammeshäuptlinge) für die Verwaltung wurde durch die Befreiung von der Steuer erreicht. Doch ʿAlī Khūrshīd begnügte sich nicht damit, den Sudan in seinen früheren Zustand zu versetzen. Auf seine Initiative hin wurden die Handelswege geschützt und ausgebaut, Khartum als Verwaltungshauptstadt entwickelt und eine Vielzahl von landwirtschaftlichen und technischen Verbesserungen vorgenommen. Als er sich 1838 nach Kairo zurückzog, hinterließ er ein blühendes und zufriedenes Land.
Sein Nachfolger, Aḥmad Pascha Abū Widān, setzte seine Politik bis auf wenige Ausnahmen fort und machte es sich zur Hauptaufgabe, die Korruption in den Behörden auszumerzen. Abū Widān ging unbarmherzig gegen Straftäter oder diejenigen vor, die seine Pläne zur Neuordnung des Steuerwesens zu vereiteln versuchten. Besonders angetan war er von der Armee, die im Gegenzug dafür, dass sie die Hauptlast des Ausbaus und der Konsolidierung der ägyptischen Verwaltung in Kassalā und unter den Baqqārah-Arabern im südlichen Kordofan trug, in den Genuss einer regelmäßigen Bezahlung und erträglicher Bedingungen kam. Muḥammad ʿAlī, der Abū Widān der Illoyalität verdächtigte, rief ihn im Herbst 1843 nach Kairo zurück, aber er starb auf mysteriöse Weise, viele glaubten an Gift, bevor er den Sudan verließ.
In den nächsten zwei Jahrzehnten stagnierte das Land aufgrund einer ineffektiven Regierung in Khartum und der Unentschlossenheit der Vizekönige in Kairo. Wenn die Nachfolger von Abū Widān Verwaltungstalent besaßen, konnten sie es nur selten unter Beweis stellen. Kein Generalgouverneur blieb lange genug im Amt, um seine eigenen Pläne einzuführen, geschweige denn die seines Vorgängers fortzuführen. Neue Vorhaben wurden nie in Angriff genommen, und alte Projekte blieben auf der Strecke. Ohne Führung wurden die Armee und die Bürokratie demoralisiert und gleichgültig, und die Sudanesen wurden unzufrieden mit der Regierung. Im Jahr 1856 besuchte der Vizekönig Saʿīd Pascha den Sudan und erwog, schockiert von dem, was er sah, den Sudan ganz aufzugeben. Stattdessen schaffte er das Amt des Generalgouverneurs ab und ließ jede sudanesische Provinz direkt dem Vizekönig in Kairo unterstellen. Dieser Zustand hielt bis zu Saʿīds Tod im Jahr 1863 an.
Während dieser ruhigen Jahrzehnte begannen jedoch zwei unheilvolle Entwicklungen, die zukünftige Probleme vorwegnahmen. Auf Druck der Westmächte, insbesondere Großbritanniens, wurde der Generalgouverneur des Sudan angewiesen, den Sklavenhandel einzustellen. Doch nicht einmal der Vizekönig selbst konnte mit einem Federstrich und der Errichtung einiger Polizeiposten die bestehenden Bräuche überwinden. Wenn die Einschränkung des Sklavenhandels bei den Sudanesen Widerstand auslöste, so rief die Ernennung christlicher Beamter in die Verwaltung und die Ausbreitung der europäischen christlichen Gemeinschaft im Sudan offene Ressentiments hervor. Die europäischen Kaufleute, meist mediterraner Herkunft, wurden von den Sudanesen entweder ignoriert oder toleriert und beschränkten ihre Kontakte auf Landsleute innerhalb ihrer eigenen Gemeinschaft und auf die türkisch-ägyptischen Beamten, deren Sitten und Kleidung sie häufig übernahmen. Sie wurden zu einer mächtigen und einflussreichen Gruppe, deren bleibender Beitrag für den Sudan darin bestand, dass sie die Führung bei der Öffnung des Weißen Nils und des Südsudans für die Schifffahrt und den Handel übernahm, nachdem Muḥammad ʿAlī 1838 auf Druck der europäischen Mächte die staatlichen Handelsmonopole im Sudan abgeschafft hatte.