Das Musikvideo zu Judith wurde von David Fincher gedreht, dem Regisseur von Fight Club, Se7en und Musikvideos für Aerosmith, Madonna und The Wallflowers. Das Video zeigt die Band bei einem Auftritt in einem großen, leeren Studio, wobei viele von Finchers charakteristischen filmischen Tricks zum Einsatz kommen: dunkle, rauchige Beleuchtung, Verdunkelung von Gesichtern, ausgiebige Filmkorrekturen und Bildmanipulation. In dem Video sind alle Mitglieder bei der Ausübung ihrer Instrumente zu sehen. Am Ende des ersten Refrains und zu Beginn der zweiten Strophe, in denen der Bass ausfällt und nur Schlagzeug und Leadgitarre zu hören sind, sieht man die Bassistin Paz Lenchantin, wie sie ihr Haar zu einem Dutt zusammenbindet. Während der Dreharbeiten konnte sie dies jedoch nicht schnell genug in Echtzeit tun, weshalb der Abschnitt für die Filmaufnahmen leicht beschleunigt wurde, um den Platz innerhalb des Liedes auszunutzen. In einem Interview mit Sook-Yin Lee, einem ehemaligen MuchMusic-VJ, verriet Howerdel, dass die Band ursprünglich eine Storyline für das Video vorhatte, diese aber aus Zeitgründen nicht umsetzen konnte.