Abqaiq fue objeto de un intento de atentado terrorista por parte de Al Qaeda el 24 de febrero de 2006, cuyo objetivo era la instalación de procesamiento de petróleo. El complejo de 250 hectáreas puede procesar 7 millones de barriles de petróleo al día. Según Ali Al-Naimi, «uno de los coches explotó en la puerta del perímetro exterior después de que los guardias le dispararan. El segundo coche consiguió atravesar la primera puerta, pero también explotó bajo el fuego en una zona de aparcamiento. Los dos terroristas murieron». La noticia del atentado hizo subir el precio del petróleo en 2 dólares. Sin embargo, los daños fueron contenidos inmediatamente por Saudi Aramco. Según Khalid R. al-Rodhan, del Centro de Estudios Estratégicos e Internacionales, «aunque algunas de las instalaciones fueron destruidas, Saudi Aramco ha afirmado que cuenta con instalaciones de reserva y redundantes para producir casi a capacidad». En un informe sobre el incidente, concluye que «el ataque contra Abqaiq no debe verse como un punto de inflexión ni en la estabilidad saudí ni en el mercado energético mundial. Más bien es una prueba de que Al Qaeda y otros grupos extremistas no se detendrán ante nada para perturbar la economía mundial y la paz internacional. También es una señal de que Al Qaeda está cambiando de táctica para atacar una zona que acapare la mayor atención e inflija el mayor daño a los dirigentes saudíes, a Estados Unidos y a la comunidad internacional»
Sin embargo, un ataque de moderado a grave contra Abqaiq reduciría la producción de una media de 6,8 millones de barriles (1.080.000 m3) al día a 1 millón de barriles (160.000 m3). El objetivo principal de Abqaiq es eliminar el sulfuro de hidrógeno del petróleo crudo y reducir la presión de vapor, lo que hace que el crudo pueda ser transportado con seguridad en los petroleros. Abqaiq es la mayor instalación del mundo para esta estabilización.
El 14 de septiembre de 2019 Abqaiq fue atacada. Los Houthis reivindicaron la autoría, afirmando que eran represalias por la intervención liderada por Arabia Saudí en Yemen. El gobierno de Estados Unidos afirmó que, en cambio, el ataque podría haberse originado en Irak o Irán, afirmando que los impactos eran consistentes con un ataque desde esa dirección. No se registraron víctimas, y los daños redujeron la producción de petróleo de Arabia Saudí a la mitad, es decir, el 5% del suministro mundial de petróleo.