abYsis es un sistema de investigación de anticuerpos basado en la web que incluye una base de datos integrada de datos de secuencias y estructuras de anticuerpos. El sistema puede ser consultado de numerosas maneras, desde simples búsquedas de texto y secuencias hasta sofisticadas consultas que aplican restricciones estructurales 3D. La versión disponible al público incluye datos de secuencias preanalizadas del Archivo Europeo de Nucleótidos del Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL-ENA) y de Kabat, así como datos de estructura del Banco de Datos de Proteínas. También se pueden analizar las propias secuencias del investigador a través de la interfaz web. Una característica definitoria de abYsis es que las secuencias se numeran automáticamente con una serie de esquemas populares como Kabat y Chothia y luego se anotan con información clave como las regiones que determinan la complementariedad y las posibles modificaciones postraduccionales. Un aspecto único de abYsis es un conjunto de tablas de frecuencias de residuos para cada posición de un anticuerpo, lo que permite destacar los «residuos inusuales» (los que raramente se ven en una posición concreta) y decidir qué mutaciones pueden ser aceptables. Esto es especialmente útil cuando se comparan anticuerpos de diferentes especies. abYsis es útil para cualquier investigador especializado en la ingeniería de anticuerpos, especialmente aquellos que desarrollan anticuerpos como medicamentos. abYsis está disponible en www.abysis.org.