Los Acariformes pueden dividirse en dos clados principales: Sarcoptiformes y Trombidiformes. Además, un grupo parafilético que contiene formas primitivas, los Endeostigmata, también se consideraba anteriormente distinto. Este último está compuesto por sólo 10 familias de ácaros poco estudiados, diminutos y de cuerpo blando que ingieren alimentos sólidos, como hongos, algas e invertebrados de cuerpo blando como nematodos, rotíferos y tardígrados. Estos clados se consideraban antiguamente subórdenes, pero esto no permite una clasificación suficientemente precisa de los ácaros y se suprime en los tratamientos más modernos; se considera que los Endeostigmata forman un suborden por sí mismos (la visión antigua) o se incluyen principalmente en los Sarcoptiformes, con lo que ambos grupos son monofiléticos.
Otro grupo que se menciona a menudo es el Actinedida, pero en tratamientos como el presente, éste se divide entre los Sarcoptiformes (y anteriormente los Endeostigmata separados) y los Trombidiformes (que contiene la mayor parte de los «Actinedida»), ya que parece ser un «taxón basurero» masivamente parafilético, que une a todos los Acariformes que no son «típicos» Oribatida y Astigmatina. Los Trombidiformes presentan sus propios problemas. El pequeño grupo Sphaerolichida parece ser el linaje más antiguo entre ellos. Sin embargo, los Prostigmata se subdividen en Anystina, Eleutherengona y Eupodina. La delimitación y las interrelaciones de estos grupos no están del todo claras; mientras que la mayoría de los análisis consideran que uno de los dos últimos, pero no el otro, es un subgrupo de los Anystina; ninguna de estas hipótesis, que se contradicen mutuamente, es muy sólida; posiblemente se trate de un simple error porque los programas informáticos de filogenética suelen fallar en el manejo de filogenias no dicotómicas. En consecuencia, puede ser mejor por el momento considerar que cada uno de los tres linajes principales de prostigmatan es igualmente distinto de los otros dos.