Las mutaciones en los genes TRIP11, SLC26A2 y COL2A1 causan acondrogénesis tipo 1A, tipo 1B y tipo 2, respectivamente.
La causa genética de la acondrogénesis tipo 1A era desconocida hasta hace poco, cuando los investigadores descubrieron que la afección puede ser resultado de mutaciones en el gen TRIP11. Este gen proporciona instrucciones para fabricar una proteína denominada GMAP-210. Esta proteína desempeña un papel fundamental en el aparato de Golgi, una estructura celular en la que las proteínas recién producidas se modifican para que puedan desempeñar sus funciones. Las mutaciones en el gen TRIP11 impiden la producción de GMAP-210 funcional, lo que altera la estructura y la función del aparato de Golgi. Los investigadores sospechan que las células llamadas condrocitos del esqueleto en desarrollo pueden ser las más sensibles a estos cambios. Los condrocitos dan lugar al cartílago, un tejido duro y flexible que constituye gran parte del esqueleto durante el desarrollo temprano. La mayor parte del cartílago se convierte posteriormente en hueso, excepto el cartílago que sigue cubriendo y protegiendo los extremos de los huesos y que está presente en la nariz y las orejas externas. El mal funcionamiento del aparato de Golgi en los condrocitos probablemente subyace a los problemas de formación de hueso en la acondrogénesis tipo 1A.
La acondrogénesis tipo 1B es la más grave de un espectro de trastornos del esqueleto causados por mutaciones en el gen SLC26A2. Este gen proporciona instrucciones para fabricar una proteína que es esencial para el desarrollo normal del cartílago y para su conversión en hueso. Las mutaciones en el gen SLC26A2 causan los problemas esqueléticos característicos de la acondrogénesis tipo 1B al alterar la estructura del cartílago en desarrollo, lo que impide que los huesos se formen correctamente.
La acondrogénesis tipo 2 es uno de los diversos trastornos esqueléticos que resultan de mutaciones en el gen COL2A1. Este gen proporciona instrucciones para fabricar una proteína que forma el colágeno de tipo II. Este tipo de colágeno se encuentra sobre todo en los cartílagos y en el gel transparente que rellena el globo ocular (el vítreo). Es esencial para el desarrollo normal de los huesos y otros tejidos conectivos que forman la estructura de soporte del cuerpo. Las mutaciones en el gen COL2A1 interfieren en el ensamblaje de las moléculas de colágeno de tipo II, lo que impide que los huesos y otros tejidos conectivos se desarrollen correctamente.