Protopopov fue elegido en 1907 miembro del Partido Octobrista centralista como delegado en la Tercera y Cuarta Dumas. En 1912, Protopopov fue elegido Mariscal de la Nobleza de Karsunsky Uyezd. En 1916, fue elegido Mariscal de la Gobernación de Simbirsk y también se convirtió en presidente del Consejo de la Industria Metalúrgica, controlada por los bancos dependientes de los sindicatos alemanes.
En noviembre de 1913 o mayo de 1914, Protopopov fue nombrado vicepresidente de la Duma Imperial bajo el mando de Mijaíl Rodzianko, ocupando el cargo de portavoz adjunto de 1914 a 1916. Protopopov fundó el periódico Russkaya Volya («La voluntad de Rusia»), financiado por los bancos, y nombró periodistas a Nikolay Gredeskul y Alexander Amfiteatrov. Según Joseph T. Fuhrmann, Protopopov estuvo hospitalizado desde finales de 1915 durante seis meses completos en la clínica de Peter Badmayev. En la primavera de 1916, a petición de Rodzianko, Protopopov encabezó una delegación de miembros de la Duma con Pavel Milyukov para reforzar los lazos con las potencias de la Entente, los aliados occidentales de Rusia en la Primera Guerra Mundial. Protopopov se reunió con el industrial y político alemán Hugo Stinnes, el banquero Fritz M. Warburg y el ministro sueco de Asuntos Exteriores Knut Wallenberg. Protopopov se enfrentó a una recepción violentamente hostil por parte de los liberales rusos pro-británicos a su regreso de Francia y el Reino Unido, y en defensa propia alegó que Warburg había iniciado las conversaciones. Los contactos secretos de Protopopov sobre la paz y el intercambio entre Rusia y Alemania se convirtieron en un escándalo que, según The New York Times, era un indicio del acercamiento entre los gobiernos ruso y alemán. Se sospechaba que Protopopov mantenía contactos con el diplomático alemán Hellmuth Lucius von Stoedten. En 1925, el periodista nazi Theodor Fritsch reescribió la historia, alegando que Warburg había hecho naufragar a la Alemania Imperial, promovido la causa comunista y cambiado todo el curso de la historia europea.)
Ministro del InteriorEditar
Alexander Protopopov y dos ayudantes, septiembre de 1916
El 20 de julio de 1916, Protopopov se reunió formalmente con el zar Nicolás II, quien lo describió como «un hombre que me gusta mucho». Alexander Kerensky lo había descrito como «guapo, elegante, cautivador …. moderadamente liberal y siempre agradable». En repetidas ocasiones, la emperatriz Alexandra instó a su marido a nombrar a Protopopov ministro del Interior, ya que colocar al vicepresidente de la Duma en un puesto clave podría mejorar las relaciones entre la Duma y la monarquía. Aunque impresionado por el encanto de Protopopov, Nicolás dudó inicialmente de su idoneidad para un cargo que incluía la responsabilidad de la policía y el suministro de alimentos en un momento de inestabilidad y escasez. Protopopov no tenía experiencia burocrática y conocía poco el departamento de policía. Sin embargo, el zar aprobó su nombramiento como director del Ministerio del Interior en algún momento entre el 16 y el 20 de septiembre de 1916. Según Richard Pipes, Protopopov recibió carta blanca para dirigir el país. Aunque anteriormente se le consideraba bastante liberal, Protopopov veía su nuevo papel como el de preservar la autocracia zarista. Con el zar ausente en el cuartel general de la Stavka, el gobierno de Rusia parecía gestionado como una especie de preocupación personal entre la emperatriz, Grigori Rasputin y Protopopov, con la ayuda auxiliar de Anna Vyrubova. Protopopov continuó la política reaccionaria de su predecesor, Boris Stürmer, con el apoyo de la emperatriz.
Según Rodzianko y Bernard Pares, a estas alturas Protopopov era mentalmente inestable y sus discursos eran incoherentes. «A pesar de su planificación sobre el papel, parece que nunca tuvo ninguna propuesta efectiva para la solución de ninguno de los graves y críticos problemas que debía resolver». En octubre, Protopopov propuso que un grupo de banqueros de Petrogrado comprara todo el pan ruso y lo distribuyera por el país. Protopopov ordenó la liberación de Vladimir Sukhomlinov, el antiguo Ministro de Guerra que fue arrestado en un sonado escándalo por acusaciones de alta traición y abuso de poder, y al que se acusó de ser responsable de las numerosas derrotas tempranas de Rusia en la Primera Guerra Mundial. Cuando la opinión pública rusa se enteró de que Protopopov había visitado al ahora indigente y despreciado Sukhomlinov en su apartamento, fue muy criticado en la Duma y dañó la reputación del gobierno. Protopopov pretendía suprimir las organizaciones públicas, especialmente el Zemgor y los Comités de la Industria de Guerra, para recuperar el apoyo del mundo de los negocios, que conocía mejor que nada. En noviembre, Protopopov buscó la disolución de la Duma.
Alexander Trepov, el nuevo primer ministro, informó a Protopopov de que deseaba que dejara su puesto en el Ministerio del Interior y asumiera el de Comercio, pero Protopopov se negó. En noviembre de 1916, Trepov hizo de la destitución de Protopopov una condición indispensable para que aceptara la presidencia del Consejo. La emperatriz, a la que no le gustaba Trepov, intentó mantener a Protopopov en su influyente posición en el Ministerio del Interior. El 14 de noviembre de 1916 (O.S.), Trepov viajó a la Stavka para reunirse con el zar y discutir la creciente crisis causada por la Primera Guerra Mundial, pero amenazó con dimitir al día siguiente. El 17 de noviembre, Nikolai Pokrovsky fue nombrado ministro de Asuntos Exteriores, pero anunció su dimisión en cuatro ocasiones por desacuerdos con Protopopov. Pokrovsky era partidario de atraer el capital financiero estadounidense a la economía rusa. El 7 de diciembre, el gabinete exigió que Protopopov acudiera al zar y dimitiera, pero en su lugar fue nombrado ministro a petición de la zarina. En diciembre de 1916, Protopopov prohibió que los zemstvos se reunieran sin la presencia de agentes de la policía. «Protopopov consideraba que esta organización estaba dominada por un personal revolucionario asalariado y que, en general, la demanda de los activistas de la oposición de desempeñar un papel en los asuntos de abastecimiento de alimentos estaba destinada a promover objetivos políticos y no prácticos». Cuando los problemas de abastecimiento demostraron estar más allá de las capacidades de Protopopov para gestionarlos, levantó los requisitos de registro de los residentes judíos de Moscú y otras ciudades.
Protopopov era tratado con frecuencia por Peter Badmayev, un médico curandero cercano a la familia imperial rusa.