¡Bienvenido!
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Garrett M. Morris David S. Goodsell Ruth Huey William Lindstrom William E. Hart Scott Kurowski Scott Halliday Rik Belew Arthur J. Olson |
¿Qué es AutoDock?
AutoDock es un conjunto de herramientas de acoplamiento automático. Está diseñado para predecir cómo se unen pequeñas moléculas, como sustratos o candidatos a fármacos, a un receptor de estructura 3D conocida.
Las distribuciones actuales de AutoDock constan de dos generaciones de software: AutoDock 4 y AutoDock Vina.
AutoDock 4 consta en realidad de dos programas principales: autodock realiza el acoplamiento del ligando a un conjunto de cuadrículas que describen la proteína objetivo; autogrid precalcula estas cuadrículas.
Además de utilizarlas para el acoplamiento, las cuadrículas de afinidad atómica pueden visualizarse. Esto puede ayudar, por ejemplo, a guiar a los químicos sintéticos orgánicos en el diseño de mejores aglutinantes.
AutoDock Vina no requiere la elección de los tipos de átomos ni el cálculo previo de los mapas de rejilla para ellos. En su lugar, calcula las cuadrículas internamente, para los tipos de átomos que se necesitan, y lo hace prácticamente al instante.
También hemos desarrollado una interfaz gráfica de usuario llamada AutoDockTools, o ADT para abreviar, que entre otras cosas ayuda a configurar qué enlaces se tratarán como rotatorios en el ligando y a analizar los acoplamientos.
AutoDock tiene aplicaciones en:
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AutoDock 4 es libre y está disponible bajo la Licencia Pública General GNU. AutoDock Vina está disponible bajo la licencia Apache, permitiendo su uso y redistribución comercial y no comercial. Haga clic en la pestaña «Descargas». Y ¡feliz docking!
¿Qué es AutoDock Vina?
AutoDock Vina es una nueva generación de software de docking del Molecular Graphics Lab. Consigue mejoras significativas en la precisión media de las predicciones del modo de unión, al tiempo que es hasta dos órdenes de magnitud más rápido que AutoDock 4.1
Debido a que las funciones de puntuación utilizadas por AutoDock 4 y AutoDock Vina son diferentes e inexactas, en cualquier problema dado, cualquiera de los dos programas puede proporcionar un resultado mejor.
Puede encontrarse información detallada en el sitio web de AutoDock Vina.
¿Qué hay de nuevo?
1 de junio de 2009
AutoDock 4.2 es más rápido que las versiones anteriores, y permite que las cadenas laterales de la macromolécula sean flexibles. Al igual que antes, el acoplamiento rígido es cegadoramente rápido, y el acoplamiento flexible de alta calidad puede realizarse en alrededor de un minuto. Hasta 40.000 acoplamientos rígidos pueden realizarse en un día en un solo ordenador.
AutoDock 4.2 tiene ahora una función de puntuación de energía libre que se basa en un análisis de regresión lineal, en el campo de fuerza AMBER y en un conjunto aún mayor de complejos proteína-ligando diversos con constantes de inhibición conocidas que el que utilizamos en AutoDock 3.0. El mejor modelo se validó de forma cruzada con un conjunto separado de complejos de proteasa del VIH-1, y se confirmó que el error estándar es de alrededor de 2,5 kcal/mol. Esto es suficiente para discriminar entre pistas con constantes de inhibición mili, micro y nanomolares.
Puede leer más sobre las nuevas características de AutoDock 4.2 y cómo utilizarlas en la Guía del usuario de AutoDock4.2 User Guide.
AutoDock 4 es Software Libre
7 de mayo de 2007
La introducción de AutoDock 4 comprende tres mejoras principales:
- Los resultados de docking son más precisos y fiables.
- Puede modelar opcionalmente la flexibilidad en la macromolécula objetivo.
- Habilita el uso de AutoDock en la evaluación de las interacciones proteína-proteína.
AutoDock 4.0 no sólo es más rápido que las versiones anteriores, sino que permite que las cadenas laterales de la macromolécula sean flexibles. Al igual que antes, el acoplamiento rígido es cegadoramente rápido, y el acoplamiento flexible de alta calidad puede realizarse en alrededor de un minuto. Hasta 40.000 acoplamientos rígidos pueden realizarse en un día en un solo ordenador.
AutoDock 4.0 tiene ahora una función de puntuación de energía libre que se basa en un análisis de regresión lineal, el campo de fuerza AMBER y un conjunto aún mayor de complejos proteína-ligando diversos con constantes de inhibición conocidas que el que utilizamos en AutoDock 3.0. El mejor modelo se validó de forma cruzada con un conjunto separado de complejos de proteasa del VIH-1, y se confirmó que el error estándar es de alrededor de 2,5 kcal/mol. Esto es suficiente para discriminar entre las pistas con constantes de inhibición mili-, micro- y nano-molar.
Puede leer más detalles sobre las nuevas características en la Guía del usuario de AutoDock4.2.
AutoDock 4.0 puede compilarse para aprovechar los nuevos métodos de búsqueda de la biblioteca de optimización, ACRO, desarrollada por William E. Hart en Sandia National Labs. También hemos añadido algunas nuevas características a nuestros métodos evolutivos existentes. Seguimos ofreciendo el método de recocido simulado (SA) de Monte Carlo de la versión 2.4 y anteriores. El Algoritmo Genético Lamarckiano (LGA) es una gran mejora del Algoritmo Genético, y ambos métodos genéticos son mucho más eficientes y robustos que el SA.
Lista de correo y foro
Hemos establecido una lista de correo y un foro para los usuarios de AutoDock. Aquí hay más información sobre la lista de AutoDock (ADL). La URL del foro es http://mgl.scripps.edu/forum.
¿Qué es AutoDockTools (ADT)?
Hemos desarrollado y seguimos mejorando nuestro front-end gráfico para AutoDock y AutoGrid, ADT (AutoDockTools). Funciona en Linux, Mac OS X, SGI IRIX y Microsoft Windows. También tenemos nuevos tutoriales, junto con los archivos de muestra que los acompañan.
¿Dónde se utiliza AutoDock?
AutoDock se ha distribuido a más de 29000 usuarios en todo el mundo. Se utiliza en entornos académicos, gubernamentales, sin ánimo de lucro y comerciales. En enero de 2011, una búsqueda en el ISI Citation Index mostró que más de 2700 publicaciones han citado los principales documentos sobre métodos de AutoDock.
AutoDock se distribuye ahora bajo la licencia de código abierto GPL y está disponible libremente para que todos lo utilicen. Debido a las restricciones de incorporar software con licencia GPL en otros códigos con el propósito de redistribuirlo, algunas compañías pueden desear licenciar AutoDock bajo un acuerdo de licencia separado – lo cual podemos arreglar. Por favor, póngase en contacto con el profesor Arthur J. Olson en el + 1 (858) 784-2526 para más información.
¿Por qué usar AutoDock?
AutoDock ha sido ampliamente utilizado y hay muchos ejemplos de su aplicación exitosa en la literatura (ver Referencias); en 2006, AutoDock fue el software de acoplamiento más citado. Es muy rápido, proporciona predicciones de alta calidad de las conformaciones del ligando y buenas correlaciones entre las constantes de inhibición predichas y las experimentales. AutoDock también ha demostrado ser útil en el acoplamiento ciego, en el que no se conoce la ubicación del sitio de unión. Además, AutoDock es software libre y la versión 4 se distribuye bajo la Licencia Pública General de GNU; también es fácil de obtener.
¡Ejecute su proyecto de investigación AutoDock en World Community Grid!
¿Su investigación funciona con AutoDock? Si es así, puede beneficiarse de la potencia de cálculo gratuita de World Community Grid para acelerar su investigación. AutoDock ya ha sido «habilitado para la red» por el equipo técnico de World Community Grid y se ejecuta en World Community Grid con los siguientes proyectos:
- Proyecto FightAIDS@Home del Instituto de Investigación Scripps.
- Proyecto Discover Dengue Drugs – Together de The University of Texas Medical Branch.
- Ayuda a combatir el cáncer infantil
- Búsqueda de fármacos antivirales contra la gripe
- GO lucha contra la malaria
Por favor, revise los criterios de los proyectos de investigación de World Community Grid y póngase en contacto con World Community Grid si tiene una idea para una propuesta de proyecto o alguna pregunta.